Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
34606	C/C1=C/N(C)c2ncc3nc2/c2[nH]c4cc(cc5ccc(cc54)c4cc(C)ccc4[nH]3)OC3=C(O)C=C=C(C3)C(=O)N(O)CC(C/N=2)CC1=O	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34607	Cc1cccc(C)c1-c1ccc(NC(=O)NCc2ccncc2C(=O)O)cc1-c1nc(=O)n2c3c1c(C)c(O)c(=O)n3CC(CC(=O)O)C2	Pocket2Mol	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34608	O=C1CC2C/N=C3\Nc4cc(cc5c4C=C4C(C5)CC5NCC(Nc6cnc(c3n6)NCCCCN1)C45)OCC1=NCC=CC(=N1)NC2	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34609	O=C(O)CC1/C=C/c2ccc3cc2N/C2=N\CC4CC(=CC=C4C(=O)NCc4ccc(c(F)c4F)O3)CC3CCN(C3)c3ncc(nc32)NC1	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34610	CC(=O)Nc1cc2c(cc1NCc1cccs1)CCCC2	Pocket2Mol	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34611	Cc1ncc2c(-c3cc(NC(=O)NC4OCCN(C)C4=O)ccc3-c3c(C)cccc3C)nc(=O)n(-c3c(C)cccc3C)c2n1	Pocket2Mol	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34612	Oc1ccccc1	Pocket2Mol	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34613	CCc1ccc2[nH]c3ccc(-c4cccc(C)c4)c(n3)/c3[nH]c4c5c(ccc4c(=O)n(C)c2c1)C(=O)C[C@@H](O5)C(=O)NC(=NC(C)=O)CC/N=3	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34614	Cc1cccc(-c2cccnc2/C2=N/CCc3nccn3C(=O)COc3cccc(CO)c3N2)c1	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34615	COc1ccccc1-n1c(=O)cnc2c(O)cccc21	Pocket2Mol	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34616	COc1ccccc1-n1c(C)cccc1=O	Pocket2Mol	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34617	Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3c(C)cnc(C)c3C)c(-c3nc(=O)n(-c4c(O)cc(=O)n(C)c4C)c4nc(C)ncc34)c2)c(F)cn1	Pocket2Mol	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34618	CN1NC(=O)c2cccc3c2N/C(=N\CCC2=Nc4ccccc4/C(=C/CO3)N2)c2nc1ccc2-c1cccc2ccccc12	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34619	CN1C(c2c(-c3cscn3)ccc3c2CCCC3)=NC=S1(=O)O	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
34620	CC(=O)N=C1CC/N=C(/c2ncccc2-c2ccccc2C)Nc2c(C)nc(=O)c3ccc(oc2-3)C(=O)N1	Pocket2Mol	4BEL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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