DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
34621 CN1CC2C/N=C3\Nc4cc(cc5c4C=C4C(=NC(=O)C4CNc4cnc(c3n4)N3CCC4CCN(C(=O)C2)C4C3)C5)OCc2ccnc1c2 Pocket2Mol 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34622 C/C1=C/N(C)c2ncc3nc2/c2[nH]c4cc(cc5ccc(cc54)c4cc(C)ccc4[nH]3)Oc3cc(ccc3O)C(=O)N(O)CC(C/N=2)CC1=O Pocket2Mol 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34623 Nc1nc(N)[nH]c(=O)n1 Pocket2Mol 4BEL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34624 Nc1ncnc2c1N=C=N2 Pocket2Mol 4BEL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34625 COc1cccc(CNc2cc3c(cc2NC(C)=O)C(C)(O)CCC3)c1 Pocket2Mol 4BEL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34626 Cc1ccccc1 Pocket2Mol 4BEL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34627 COc1cc2c3cc([nH]c(=O)c3c1)C1CNCC1Nc1cnc3c(n1)/C(=N/CC(CN(C)C(N)=O)CC(=O)N(C)C1CCCN3C1)N2 Pocket2Mol 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34628 CC(=O)Nc1cc2cc(O)ccc2cc1NCc1ccccn1 Pocket2Mol 4BEL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34629 COc1cccc(Nc2cc(-c3nn(C)c(=O)c4cccn34)c3cc(N)ccc3c2)n1 Pocket2Mol 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34630 Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3c(C)cccc3C)c(-c3nc(=O)n(-c4c(C)cccc4-c4cscc4C)c4nc(C)ncc34)c2)ccn1 Pocket2Mol 4BEL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34631 Cc1cccc(C)c1-c1ccc(NC(=O)NCc2cccc(O)c2C(=O)O)cc1-c1nc(=O)n2c3c1c(C)cc(=O)n3CC(CC(=O)O)C2 Pocket2Mol 4BEL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34632 Cc1ccc(O)c(-c2cc(F)ccc2N2CN=C(c3cc(NC(=O)Nc4cnn(C)c4)ccc3-c3c(C)cccc3C)c3cnc(C)nc32)c1 Pocket2Mol 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34633 CC1=NCC(NC(=O)Nc2ccc(-c3c(C)cccc3C)c(C3=NCN(c4ccccc4-c4cc(C)ccc4O)c4nc(C)ncc43)c2)=C1 Pocket2Mol 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34634 NC(=O)Nc1ccc(C(=O)O)cc1 Pocket2Mol 4BEL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34635 ON=C1CCCc2ccccc21 Pocket2Mol 4BEL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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