DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
34681 C1=C(COc2ccccc2)N=C(c2ccccc2)NC1 Pocket2Mol 3WZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34682 CNc1ncnc2c1C=CC2 Pocket2Mol 3WZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34683 C=C1C(O)=CC(O)C=C1CNC1OC(CO)C(O)C1O Pocket2Mol 6JBB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34684 C=C1C2=C(Cc3cc(O)ccc3N(C)C2)CC(O)C1O Pocket2Mol 6JBB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34685 O=C(O)CNc1cc2cccc3c2c(n1)CC(=O)C3O Pocket2Mol 6JBB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34686 C=C1C2=C(CC(=O)C1O)Cc1c(O)cccc1NC2 Pocket2Mol 6JBB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34687 O=C1N=C=C(c2cccc3c2CCCC3)c2c1nc1n2Cc2n[nH]nc2C1 Pocket2Mol 4CWS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34688 Nc1cc2nc3ncncc3c(=O)n2c(=O)[nH]1 Pocket2Mol 4CWS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34689 Nc1cc2nc3ncccc3c(=O)n2c(=O)[nH]1 Pocket2Mol 4CWS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34690 O=c1[nH]cc(-c2cccc3c2CCCC3)c2c1nc1n2Cc2n[nH]nc2C1 Pocket2Mol 4CWS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34691 O=c1[nH]cc(-c2cccc3c2CCC=C3)c2c1nc1n2Cc2n[nH]nc2C1 Pocket2Mol 4CWS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34692 Nc1ccn2c(=O)c3cncnc3nc2c1 Pocket2Mol 4CWS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34693 Cc1ccc2scc(-c3c[nH]c(=O)c4nc5n(c34)CC3=NCN=C3C5)c2c1 Pocket2Mol 4CWS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34694 Cc1ccc2c(c1)C=C1C=C(O)C=CC1N2 Pocket2Mol 5CS3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
34695 Cc1ccc2nc3ncc(O)cc3cc2c1 Pocket2Mol 5CS3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

34681 to 34695 of 73725 items. Total 4915 pages.