DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
35371 c1ccc2ncccc2c1 Pocket2Mol 5NW1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35372 CC(C)=CC=Cc1cc2c3c(c4cc(Nc5ccccc5)ccc4cc3c1)OCC2 Pocket2Mol 5NW1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35373 CC(C)=CC=Cc1cc2c3c(c4cc(N5C=CC=C(C)C5)ccc4cc3c1)OCC2 Pocket2Mol 5NW1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35374 O=Cc1ccccc1 Pocket2Mol 5NW1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35375 O=C1CC2(O)CN(O)C(=O)CC2CN1 Pocket2Mol 4KZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35376 Cc1cc(C(=O)O)cc(C(C)O)c1O Pocket2Mol 4KZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35377 O=C1CC2C(O)OCCC2(O)CN1O Pocket2Mol 4KZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35378 O=C1CC2CC(O)=CCC2(O)CN1O Pocket2Mol 4KZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35379 CC1=CCC2(O)CN(O)C(=O)CC2C1 Pocket2Mol 4KZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35380 COc1cc(C(=O)O)cc(C)c1O Pocket2Mol 4KZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35381 O=c1[nH]c2nc3c4cc(OCCO)c(O)c5c4n4c6c(cc7oc8cc(F)cc1c8c2c7c36)C=CC4CC5 Pocket2Mol 4ZZD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35382 O=C1Cc2ccc3c(c2CN1)c1nc2[nH]c(=O)c4cc(F)cc5oc6cc7c(c1c6c2c54)n3CCC7 Pocket2Mol 4ZZD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35383 COc1cc(O)c2c3nc4[nH]c(=O)c5cc(F)cc6oc7cc8c(c3c7c4c65)n3c2c1C=CC3CC8 Pocket2Mol 4ZZD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35384 Cn1c2c3c4c(cc(F)cc4c1=O)oc1cc4ccc(=O)n5c6nc(=O)c7ccccc7c6c(c(c13)c45)C2 Pocket2Mol 4ZZD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35385 O=c1[nH]c2nc3c4cc(OCCO)c(O)c5c4n4c6c(cc7oc8cc(F)cc1c8c2c7c36)CCC4C=C5 Pocket2Mol 4ZZD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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