Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
35326	COC1CC2(O)c3c(O)cc4c(c3Oc3cc5ccc6c7c5c(c32)N1C(=O)N7CC=N6)CN(C)C(=O)N4	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35327	CC1=C(N)N2Cc3c4cncc(O)c4cc4cccc(c34)C2=CN1	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35328	COC1CC(C23CCCN(C2=O)c2c(O)cccc2CC(=O)NCC3)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CC=N4	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35329	O=C1c2ccc3c(=O)c4c5n6c7c(c2c36)C(CCc2coc(c2-7)CC=5CC=4)C2CCCN12	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35330	COC1CC(C23CCN/C=C/c4ccc(F)cc4N(C(=O)CC2=O)C3=O)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CC=N4	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35331	Oc1ccc2c3c1ccc1c3n3c(ccc4c3n2CCC4)=CC1N1CCC(O)C1	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35332	O=C1c2cnc3c4c2c(c(-c2c(F)cc(F)cc2F)n4Cc2c(O)cncc2-3)C(=O)N2CCCN12	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35333	COC1CC2c3c(O)cc4c(c3Cc3cc5ccc6c7c5c(c32)N1C(=O)N7CC=N6)CNC(=O)C1=CC(C)=C2OCCC3C=C4C(=O)C1C23	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35334	COC1CC(C23C=CC(=O)N(C2=O)c2cccc4c2=CC(=CCC=4)NCC3)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CC=N4	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35335	CN1C=C(c2nnc3[nH]c(-c4ccccc4)ccc2-3)C=CN1	Pocket2Mol	6NFH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35336	c1ccc(-c2ccc3c(-c4ccnnc4)nnc-3[nH]2)cc1	Pocket2Mol	6NFH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35337	CC1N=C2c3ccccc3NC3=NC=C(c4ncnn41)C32	Pocket2Mol	6NFH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35338	CN1C=C(c2nnc3[nH]c(-c4ccccc4)ccc2-3)C=CC1	Pocket2Mol	6NFH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35339	CN1Cc2cccc3c2C2C(=NN=C2C1=O)NC3=O	Pocket2Mol	6NFH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35340	Cc1ccc2[nH]c3ccc(-c4ccncc4)cc3c2c1	Pocket2Mol	4L2L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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