Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
35281	COC1CC(C23CCNC(=O)Cc4ccccc4N(C(=O)NC2=O)C3=O)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CC=N4	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35282	COC1CC(C23CCN/C=C/c4cc(O)ccc4N(C(=O)CC2)C3=O)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CC=N4	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35283	COC1CC2c3ccc4c(c3Oc3cc5ccc6c7c5c(c32)N1C(=O)N7CC=N6)CC1CCn2c(cc3ccccc3c2=O)C1=C4	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35284	COC1CC(C23CCNC(=O)Cc4ccccc4N(C(=O)OC2)C3=O)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CC=N4	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35285	COC1CC2c3ccc4cc5c(cc4c3Oc3cc4ccc6c7c4c(c32)N1C(=O)N7CC=N6)CCn1c-5cc2ccccc2c1=O	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35286	C=C1CC(Cc2cnc(C3N=C4N(C)C(O)C5=c6n(c7cccc8c9nn(C)nc9c3c(c87)n64)C=CC5)c(O)c2)C(O)c2cccc(O)c21	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35287	COC1CC(C23CCNc4ccc5c(c4)C(=CC=CC5)N(C(=O)OC2)C3=O)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CC=N4	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35288	CC(=O)NCc1cccc2nc3cccc(-c4ccccc4)c3nc12	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35289	COC1CC2(O)c3c(O)cc4c(c3Oc3cc5ccc6c7c5c(c32)N1C(=O)N7CC=N6)Cn1c(c(C)c(=O)[nH]c1=O)N4	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35290	COC1CC2c3c(O)cc4c(c3Cc3cc5ccc6c7c5c(c32)N1C(=O)N7CC=N6)CNC(=O)C1=CC(C)C2OCCC3C=C4C(=O)C1C32	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35291	O=C1c2cccc3cccc(c23)C2CCC=CN12	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35292	COC1CC2(O)c3c(O)cc4c(c3Oc3cc5ccc6c7c5c(c32)N1C(=O)N7CC=N6)Cn1c2c(c(=O)[nH]c1=O)CCCN42	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35293	O=C1c2ccc3c4c5c6n(c24)C2=C(C=CC12)Cc1occ(c1-6)CNC5C1CCCN1C3=O	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35294	CC1=C(N)N2Cc3c4cncc(O)c4cc4cccc(c34)C2=CC1	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35295	CCc1nccc2c1nc(Cn1ccc(C)c1)c1ccccc12	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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