Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
35266	COC1CC(C23CCCC4C=Cc5cccc(c5O4)C(=O)N(CCC2)C3=O)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CCN4	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35267	COc1cccc2c1C=CN1Cc3c(cnc(C4N=C5N(C)C(=O)C6=C7N5C5=C4C(=O)c4c(O)ccc8ccc(c5c48)N7C=CC6)c3O)CC21	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35268	CC1=CCC(=O)N(Cc2nc3c(CN)nc(C)c4c(=O)oc5cccc2c5c34)C1	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35269	CN1C(=O)N2c3ccc(CC4=NC(=O)C5=C(CC=C5O)C(CO)N4)cc3N3C(=O)CC(=O)c4ncc(c2c43)C1O	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35270	COC1CC2c3ccc4cc5c(cc4c3Oc3cc4ccc6c7c4c(c32)N1C(=O)N7CC=N6)CCN1C(=O)CC(=O)C=C51	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35271	COC1CC(C23CCNC(=O)Cc4c(O)ccc(O)c4N(C(=O)NC2=O)C3=O)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CC=N4	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35272	COC1CC(C23CCN/C=C/c4ccccc4N(C(=O)CC2=O)C3=O)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CC=N4	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35273	NC(=O)N1CCc2ccc3c(c2C1)N=C1C(c2ccccc2)=CC(O)=CC1N3	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35274	COC1CC2c3c(O)cc4c(c3Oc3cc5ccc6c7c5c(c32)N1C(=O)N7C=C=N6)CC1=CC=C=C1C4	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35275	COC1CC2c3c(O)ccc(C(N)=O)c3Cc3cc4c(C)cc5c6c4c(c32)N1C(=O)N6CC=N5	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35276	CCc1nnc2ccc3c(O)ccc4c(C(=O)n5ccc6c5CC=C6)nc1c2c34	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35277	CN1C(=O)C(c2ccccc2)Oc2ccc3nc(O)c4c5c3c2C1OC5COC4	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35278	COC1CC(C23CCCN(C2=O)c2ccccc2CC(=O)NCC3)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CC=N4	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35279	COC1CC2c3c(O)cc4c(c3Cc3cc5ccc6c7c5c(c32)N1C(=O)N7CC=N6)CNC(=O)C1=CC(C)C2CCCC3C=C4C(=O)C1C32	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35280	CC=C1NCC[C@@]2([C@H]3C[C@H](OC)N4C(=O)N5CC=Nc6cc(C)c7ccc3c4c7c65)CCC(=O)N(C2=O)c2ccccc2S1	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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