Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
35296	COC1CC(C23CCN/C=C/C=C4/CC=CC=C(C4)N(C(=O)CC2)C3=O)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CC=N4	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35297	COC1CC2c3c(O)cc4c(c3Oc3cc5ccc6c7c5c(c32)N1C(=O)N7C=C=N6)Cc1c(F)cccc1C4C	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35298	CC(=O)NCc1cccc2c1N=C1C(=CCC=C1c1ccccc1)N2	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35299	O=C1c2ccc3c(=O)c4cccc5c(=O)c6occ7c6c6c(c2c3n6c45)C(CC7)C2CCCN12	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35300	CN1C2=NC(c3ncc(CC4Cc5cccc6cccc(c56)C4)cc3O)c3c4n[nH]nc4c4cccc5c4c3n2c2n5C=CCC=2C1O	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35301	COC1CC(C23C=CC(=O)N(C2=O)C2=CC=CNc4c(O)cc(cc42)NCC3)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CC=N4	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35302	CC=C1CCN(C(=O)C[C@@]2([C@H]3C[C@H](OC)N4C(=O)N5CC=Nc6cc(C)c7ccc3c4c7c65)CCC(=O)N(C3=CC=CC3)C2=O)C1	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35303	COC1CC(C23CCNC4=CC=C5CC(O)=CC=C(C5C4)N(C(=O)OC2)C3=O)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CCN4	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35304	COC1CC2c3c(O)cc4cc5c(cc4c3Oc3cc4ccc6c7c4c(c32)N1C(=O)N7CC=N6)C(O)Oc1c(O)cccc1-5	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35305	COC1CC(C23CCNC4=CCC=c5c(O)ccc(c5=C4)N(C(=O)NC2=O)C3=O)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CC=N4	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35306	COC1CC(C23CCCCOc4cccc(O)c4C(=O)N(CCC2)C3=O)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CC=N4	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35307	O=C1c2cccc3cc(O)cc(c23)C2C=CC=CN12	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35308	COC1CC(C23CCNC4=CCCC5C(O)=CC=C(C5=C4)N(C(=O)NC2=O)C3=O)c2ccc3c(C)cc4c5c3c2N1C(=O)N5CC=N4	Pocket2Mol	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35309	Cc1ccc2c(c1)c1cncnc1c1cc(C)ccc21	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
35310	COc1cccc(-c2ccc3c(nc(Cn4ccnc4)c4ccccc43)c2C)c1	Pocket2Mol	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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