DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
36301 CN1C=CC(O)=C2C(=O)CC=C21 Pocket2Mol 6R1W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36302 Oc1coc2ccccc12 Pocket2Mol 6R1W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36303 Oc1cccc2ccccc12 Pocket2Mol 6R1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36304 O=C(O)c1cccc(C(=O)O)c1 Pocket2Mol 6R1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36305 NC(=O)c1ccccc1O Pocket2Mol 6R1W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36306 CCNC(=O)Cc1nc2c3c(n1)N1CCCCC1C(O)C3C(O)C1=C2OC(C(=O)O)C1 Pocket2Mol 5JOP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36307 CN1c2nc(CC(=O)NO)nc3c4c(c(O)c(c23)C2OC(O)OCC21)C(O)C(CO)O4 Pocket2Mol 5JOP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36308 COC(=O)CCc1nc2c3c(n1)N1CCOCC1C(O)C3C(O)C1=C2OC(C(=O)O)C1 Pocket2Mol 5JOP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36309 O=C(O)CCCc1nc2c3c(n1)N1CCOCC1C(O)C3C(O)C1=C2OC(C(=O)O)C1 Pocket2Mol 5JOP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36310 CNC(=O)Cc1nc2c3c(c(O)c4c(c3n1)OC(C(=O)O)C4)C1OC(=O)OCC1N2C Pocket2Mol 5JOP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36311 CC1=NC(=O)C2=C(C)c3ccccc3C2N1 Pocket2Mol 5Y8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36312 CC1=NC(=O)C2=C(C)C=NC2N1 Pocket2Mol 5Y8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36313 CC1=C2C(=O)N=C(N)NC2N=C1N Pocket2Mol 5Y8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36314 CC1=NC(=O)C2=C1C1C=CN=C1CC(C)C2 Pocket2Mol 5Y8Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36315 O=C(O)c1c(O)ccc(O)c1O Pocket2Mol 5Y8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

36301 to 36315 of 73725 items. Total 4915 pages.