DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
36271 CC=Cc1cc[nH]c(=O)c1 Pocket2Mol 5ULN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36272 Oc1ccc2cc3c(cc2c1)N1c2ccccc2Cc2cc(F)cc(c21)N3O Pocket2Mol 6EL5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36273 Oc1ccc2cc3c4c(c2c1)CC1=C2C(CC1)Cc1cc(F)cc(c1N24)N3O Pocket2Mol 6EL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36274 O=C(O)COc1ccc2c3c1Oc1cccc4c1N3c1c(cc(F)cc1N2O)C4 Pocket2Mol 6EL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36275 Oc1ccc2cc3c(cc2c1)N1C2=CC=CC2Cc2cc(F)cc(c21)N3O Pocket2Mol 6EL5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36276 NC(=O)NCc1ccc(O)c(O)c1O Pocket2Mol 6PI6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
36277 O=c1nc(C2=CN=CC2)nc2n1CCC2 Pocket2Mol 6PI6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
36278 O=c1nc(C2=CNNC2)nc2n1CCC2 Pocket2Mol 6PI6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
36279 CC1=NC2=CC=NC(O)C2=NC1 Pocket2Mol 6PI6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36280 C=CC(O)CN1CC2(C)Nc3cscc3N=C2C(=O)C1c1cccc(F)c1O Pocket2Mol 4ZB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36281 CC1N=C2C=C3C4=C(CN=C4C(=O)O)C4=C(CCNC4)C3CC2(C(=O)O)NC1=O Pocket2Mol 4ZB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36282 O=C1CN(C2CNCC(C(=O)O)O2)C(=O)C2(C(=O)O)Nc3ccc(O)cc3N=C12 Pocket2Mol 4ZB6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36283 CC1=CCC2=C1C1=CC3=NC(C)C(=O)NC3(C(=O)O)CC1C1=C2CNC(O)C1 Pocket2Mol 4ZB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36284 CC1=C(C2OCc3cc4c(c5cnc6ncn2c6c35)CC(C)O4)N=C2C=c3c4c(ccc3=CC21)CC1=CCC=CC1=C4 Pocket2Mol 6PL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36285 O=C(Nc1ccccc1)c1cnc2ncn3c2c1NCOC3c1cn2c(=O)c3c([nH]c2n1)-c1cc(Cl)ccc1C3 Pocket2Mol 6PL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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