Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
36226	NS(=O)(=O)c1ccc(CCC2=CC(C(=O)O)NC2)cc1F	Pocket2Mol	6C7X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36227	C/C1=C/CCC2CCC(=O)C2C2CC3=C4C(=C5CCCN6C(c7cccc(C8=CC(O)CC8)c7)=NC(c7ccc(n74)C3)C56)C12	Pocket2Mol	5ZVW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36228	O=C1CC(=O)N2C3=C(C=C=CN13)N=CC2O	Pocket2Mol	5ZVW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36229	C/C1=C/C=C\C2CCC(=O)C2C2CC=C3C(=C4CCCN5C(c6cccc(C7=CC(O)CC7)c6)=NC(c6cccn63)C45)C12	Pocket2Mol	5ZVW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36230	C/C1=C/C=C\C2CCC(=O)C2C2CC=C3C(=C4CCCN5C(c6cccc(C7=CC(O)CC7)c6)=NC(C6CCCCN36)C45)C12	Pocket2Mol	5ZVW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36231	C/C1=C/C=C\C2CCC(=O)C2C2CCC3C(=C4CCCN5C(c6cccc(C7=CC(O)CC7)c6)=NC(C6=CCC(=O)N63)C45)C12	Pocket2Mol	5ZVW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36232	COc1cc(O)ccc1-c1ccn[nH]1	Pocket2Mol	5ZVW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36233	CC(NC(N)=O)C(CO)c1cccc(-c2cccc(C(=O)NCc3cccc(N4c5cncnc5CC5CCN(C)CC54)c3)c2)n1	Pocket2Mol	5ISZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36234	CCNCC(c1cccc(-c2cccc(C(=O)NCc3cccc(N4c5cncnc5CC5CCN(C)CC54)c3)c2)n1)C(C)NC(N)=O	Pocket2Mol	5ISZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36235	CCC(c1cccc(-c2cccc(C(=O)NCc3cccc(N4c5cncnc5CC5CCN(C)CC54)c3)c2)n1)C(C)NC(N)=O	Pocket2Mol	5ISZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36236	CC1=NN=C(C2=NC(=O)c3ccc(F)cc32)C1	Pocket2Mol	5J6A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36237	Cc1ccc(C2CCNCC2)cc1	Pocket2Mol	5J6A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36238	Cc1ccc2c(c1)CC=C1CCCCCC12	Pocket2Mol	5J6A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36239	CC1=CN=C(C2=NC(=O)c3ccc(F)cc32)C1	Pocket2Mol	5J6A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36240	Cc1ccc2c(c1)C=NC(=O)C2	Pocket2Mol	5J6A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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