DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
36166 Cc1ccc(C(=O)O)c(O)c1 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36167 Cc1ccc(C(=O)O)cc1 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36168 Nc1ccccc1C(=O)O Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36169 Cc1ccc2c(c1)C1=CC=CC3=C(C(=O)O)C=CC(=C2)C13 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36170 Nc1nncc2cc3ccccc3cc12 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36171 Nc1nccc2c1N=CC2 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36172 c1ccc(-c2ccccn2)cc1 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36173 C1=CC2=Cc3ccc(Oc4cccc5c4Cc4cnn(C6CCOC6)c4C5)c4c3C3C2=C(C=CN3CC4)C1 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36174 Cc1cc(C(=O)O)cc2ccc3c(c12)OC(O)c1ccc2c(c1O3)C(O)C1=CC=C(C(=O)O)CC1=N2 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36175 CC1=Cc2cc3ccc(Oc4cccc5c4CC4=CCc6c(C)cccc6C4=C5O)c4c3c(c2=CC1)=NCC4 Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36176 O=C(O)C1=Cc2ccc(Oc3cccc4c3Cc3c(O)cc(O)c(C(O)O)c3N4)c3c2C(C1)NCC3 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36177 CC1NC=NC1c1nc2cccc(Oc3ccc4cc(C(=O)O)cc5c4c3CC=C5)c2c2ccccc12 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36178 O=C(O)c1cc2ccc(Oc3cccc4c3Cc3cnn(-c5ccccc5)c3C4)c3c2c2c1N=CCN2CC3 Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36179 Cc1c(Oc2cccc3c2Cc2c(O)cc4ccccc4c2N3)ccc2cc(C(=O)O)ccc12 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36180 OC1=CC=C2Cc3c(Oc4ccc5cc6cccc7c6c6c5c4CCN6CC7)ccc(O)c3C(O)=C2C1O Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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