DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
36121 Cc1c(Oc2cccc3c2Cc2ccc4ncn(O)c4c2C3)ccc2cc3c(=O)n(C)ccc3cc12 Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36122 O=C(O)c1ccc2cc3ccccc3c(=O)n2c1 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36123 Cc1cccc2cc3ccc(C(=O)O)cc3cc12 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36124 Cc1c(Oc2cccc3c2Cc2ccc4c(c2N3)N(O)C(C)N4C)ccc2cc3c(=O)n(C)cc(C)c3cc12 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36125 CN1CCc2c(Oc3cccc4nc(-c5cnc[nH]c5=O)c5ccccc5c34)ccc3cc(C(N)=O)cc1c23 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36126 NC(=O)C1=CC2=Nc3ccc4c(c3C(O)C2=CC1)Oc1ccc2cc(C(=O)O)ccc2c1OC4O Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36127 CC1=C(N)N2CC=CC=C2C1(C)C Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36128 O=C(O)c1cc2ccc(Oc3cccc4c3Cc3cnn(-c5ccccc5)c3C4)c3c2c2c1NCCN2CC3 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36129 O=C1CC(O)=c2ccc3c4c2c1cc1ccc(Oc2cccc5c2CC(=O)N(C2CCCCC2)C5)c(c14)CC=3 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36130 Cc1c(Oc2cccc3c2Cc2ccc4ncn(O)c4c2N3)ccc2cc3c(=O)n(C)ccc3cc12 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36131 Nc1ccccc1 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36132 NC(=O)C1=CC2C(=N1)Nc1cc(O)c3c(c1C2O)Oc1ccc2c(c1CC3)CC1=CC(=O)NC(=O)C1=C2 Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36133 CN1CCc2c(Oc3cccc4c3Cc3ccc5ccncc5c3N4)ccc3cc(C(=O)O)cc1c23 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36134 O=C(O)c1cc2ccc(Oc3cccc4c3CC3=CC=C(O)C(O)C3=C4O)c3c2c2c1cnn2CC3 Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36135 O=C1C=C2Cc3c(ccc4c3CCc3c(O)cc5c(c3O4)C(O)c3ccc(C(=O)O)nc3N5)C=C2C(=O)N1 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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