Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
36106	O=C(O)c1ccccc1C1C=C2c3ccnc4nc5ccc(C(=O)O)c6c5c(c34)N(C=C6)C2N1C(=O)O	Pocket2Mol	5MRB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36107	CCCN(C)C(=O)C1C=C2c3ccnc4nc5cc(NC(C)=O)cc6c5c(c34)N3C(=C6)C(C)CC(=O)N1C23	Pocket2Mol	5MRB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36108	CN1C(c2cc(F)ccc2C(=O)O)C=C2c3ccnc4nc5ccc(C6=NCC=N6)c6c5c(c34)N(C=C6)C21	Pocket2Mol	5MRB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36109	CC1CC(=O)N2C(C(=O)N(C)CC(=O)O)C=C3c4ccnc5nc6cccc7c6c(c45)N(C1=C7)C32	Pocket2Mol	5MRB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36110	CN1C(c2cc(F)ccc2C(=O)O)C=C2c3ccnc4nc5ccc(C6CC=CO6)c6c5c(c34)N(C=C6)C21	Pocket2Mol	5MRB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36111	CN1C(c2cc(F)ccc2C(=O)O)C=C2c3ccnc4nc5ccc(-c6nccs6)c6c5c(c34)N(C=C6)C21	Pocket2Mol	5MRB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36112	CC(C)(C)n1c(=O)[nH]c2cc3c4c(ccc5ccc6c(c54)C(C3)C3CC=CC=C3O6)c2c1=O	Pocket2Mol	3TYM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36113	O=C(O)C=Cc1ccccc1O	Pocket2Mol	3TYM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36114	CC1(C)CC(O)CC1=O	Pocket2Mol	3TYM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36115	CC1=Cc2cc3ccc(Oc4cccc5c4CC4=CCc6ccccc6C4=C5O)c4c3c(c2=CC1)=NCC4	Pocket2Mol	3TYM	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36116	Cc1c(Oc2cccc3c2Cc2ccc4c(c2C3)N(O)C(O)N4C)ccc2cc3c(=O)n(C)ccc3cc12	Pocket2Mol	3TYM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36117	COc1cc2c3ccncc3c3cccc4ccc(n1)c2c43	Pocket2Mol	3TYM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36118	Cc1c(Oc2cc(O)cc3c2Cc2ccc4ncn(O)c4c2N3)ccc2cc3c(cc12)C(C)C(=O)NC3=O	Pocket2Mol	3TYM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36119	Cc1c(Oc2cccc3c2Cc2ccc4c(c2N3)N(O)C(O)N4C)ccc2cc3c(=O)n(C)cc(C)c3cc12	Pocket2Mol	3TYM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36120	Cc1ocnc1-c1nc2cccc(Oc3ccc4cc(C(=O)O)cc5c4c3CC=N5)c2c2ccccc12	Pocket2Mol	3TYM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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