Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
36076	CC(=O)NCC(=O)O	Pocket2Mol	5M17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36077	CC=CCO[C@@H]1[C@@H](O)C(O)=C[C@H](C)[C@H]1O	Pocket2Mol	5M17	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36078	CN(C)CC(O)O	Pocket2Mol	5M17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36079	COCC=CN(Cc1ccc(OC)c(C(=O)O)c1)C(C)=O	Pocket2Mol	6MA4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36080	CC1Cc2nc(OC(CO)C(=O)O)cnc2-c2cc(O)c(C(=O)O)cc21	Pocket2Mol	6MA4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36081	C=C1Oc2c(ncc3c2Oc2c(O)ccc(O)c2O3)-c2cc(O)c(C(=O)O)cc21	Pocket2Mol	6MA4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36082	C=C(C)C1=CN(C(C)=O)Cc2cc(F)ccc21	Pocket2Mol	6MA4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36083	CC=C1N=CC2=C1CC[C@@H]1c3c2ccc2cc([C@@H](NC)C(=O)NCC)c4c(c32)[C@@H](CN(C)C4=O)[C@@H]1O	Pocket2Mol	5ZYL	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36084	CC=C1C=CC(c2ccc3cc([C@@H](NC)C(=O)NCCO)c4c(c3c2)CC(=O)NC4=O)=C1C	Pocket2Mol	5ZYL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36085	C=C1C=CC2=C1CNC1CC3C(=O)NC(=O)c4c(C5NCCCN(C)C5=O)cc5ccc2c1c5c43	Pocket2Mol	5ZYL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36086	Cc1[nH]c(=O)c2c([C@H]3NCCCN(C)C3=O)cc3ccc4c5c3c2c1CN5C=CC1=C4C=NC1=CO	Pocket2Mol	5ZYL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36087	C=C1C=CC2=C1CC=C1Cc3c(C)[nH]c(=O)c4c(C5NCCCN(CO)C5=O)cc5ccc2c1c5c34	Pocket2Mol	5ZYL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36088	C=C1C=CC2=C1CC=C1Cc3c(C)[nH]c(=O)c4c(C5NC(=O)C=CN(C)C5=O)cc5ccc2c1c5c34	Pocket2Mol	5ZYL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36089	Cc1ccc(Cc2ccc3c(c2)C(N)C(=O)CO3)c2ccccc12	Pocket2Mol	5ZYL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
36090	C=C1C=CC2=C1CNC1Cc3c(C)[nH]c(=O)c4c(C5NCCCN(CC)C5=O)cc5ccc2c1c5c34	Pocket2Mol	5ZYL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

36076 to 36090 of 73725 items. Total 4915 pages.