DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
36136 NC(=O)c1cc2ccc(Oc3cccc4c5c(c6ccccc6c34)C(C(=O)O)NO5)c3c2c2c1CCN2CC3 Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36137 O=c1oc2c3c4c(cccc1-3)C=C=c4c1c(Oc3ccc4cc5cncc6c5c5c4c3CCN5C6)cccc21 Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36138 CC1=CN(C(=O)O)C(C)(C)C1 Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36139 Oc1cc2c3c(cccc3c1)C=C=C2 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36140 NC(=O)C1=CC2C(=N1)Nc1cc(O)c3c(c1C2O)Oc1ccc2cc4c5c(c2c1CC3)=CCC=5C(=O)NC4=O Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36141 CC=C1Cc2ccccc2-c2cc(O)ccc21 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36142 COC1=CC=C2Cc3c(Oc4ccc5cc6cc(O)ccc6c6c5c4CCN6)cccc3C(O)=C2C1 Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36143 C1=CC=c2c=1c1c(Oc3ccc4cc5cncc6c5c5c4c3CCN5C6)cccc1c1oc3ccccc3c21 Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36144 Cc1ccc2c(c1)C=C1C=CC(C(=O)O)CC1C2 Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36145 Nc1ncccc1C(=O)O Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36146 Oc1cnccc1C1=NCCNC1 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36147 Oc1ccccc1-c1ccco1 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36148 Oc1cccc2ccncc12 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36149 Nc1ccnc2ccccc12 Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36150 CC=Nc1nncc2cc3ccccc3cc12 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

36136 to 36150 of 73725 items. Total 4915 pages.