DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
36151 CC1=C2Cc3c(Oc4ccc5cc6c(c7c5c4CCN=7)=CC=C=C6)cccc3C(O)=C2C2=C(CCC2N)N1 Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36152 NCCN1CNc2cc3c4c(ncc5c(O)cc6c(c54)C(C3)C3C(=O)C=CC=C3O6)c2C1=O Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36153 COC1C=C(c2ccccc2)Nc2cccc(Oc3ccc4cc(C(=O)O)ccc4c3C)c21 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36154 O=C(O)c1cccc(-c2cc3nccnc3cc2F)c1 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36155 Cc1cc(C(=O)O)cc2ccc3c(c12)OC(O)c1ccc2c(c1O3)C(O)C1=CC=C(C(=O)O)C(=O)C1=N2 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36156 O=C(O)c1ccc2cc3ccccc3cc2c1 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36157 Cc1c(Oc2cccc3c2Cc2ccc4c(c2N3)n(O)c(=O)n4C)ccc2cc3c(=O)n(C)cc(C)c3cc12 Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36158 O=C(O)c1cc2c3c(c(Oc4cccc5nc(-c6ccccn6)c6ccccc6c45)ccc3c1)CC=N2 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36159 Cc1c(Oc2cccc3c2Cc2ccc4c(c2N3)N(O)C(O)N4C)ccc2cc3c(=O)n(C)ccc3cc12 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36160 CC(C)(C)n1c(=O)[nH]c2cc3c4c([nH]c(=O)c5c(O)cc6c(c54)C(C3)C3CC=CC=C3O6)c2c1=O Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36161 O=c1[nH]ccc(O)c1CO Pocket2Mol 3TYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36162 Oc1nncc2cc3ccccc3cc12 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36163 O=C(O)c1cc2ccc(Oc3cccc4c3Cc3cnc5ccccc5c3N4)c3c2c2c1NCCC2CC3 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36164 O=C(O)c1ccccc1 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36165 O=C1C=C2OC3=C4C5=C(CCC6c7c([nH]c(=O)[nH]c7=O)C=C(CC4C2CC1)C56)C(=O)C3 Pocket2Mol 3TYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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