Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
38071	CC=C1CCC(=O)C(=CC)[C@H]1c1cccc2oc3c4ccn5ccc(cc(CCO)c-3[nH]c12)n45	Pocket2Mol	5IA1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38072	CC(O)=C1CC[C@H]2NCC(C)=C2[C@H]1c1cccc2oc3c4ccn5ccc(cc(CC(N)=O)c-3[nH]c12)n45	Pocket2Mol	5IA1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38073	CC(O)=C1CCc2n[nH]c(C)c2[C@H]1c1cccc2oc3c4ccn5ccc(cc(CC(N)=O)c-3[nH]c12)n45	Pocket2Mol	5IA1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38074	CC1Cc2cc3c4[nH]c5c(cccc5oc-4c4ccn1n24)C1/C(=C\C=C\CCC3)C=Nc2ccccc21	Pocket2Mol	5IA1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38075	CC1(C(=O)O)c2ccc3c(c2=C2OCCCCC21)=Cc1ccc(C(=O)O)cc1O3	Pocket2Mol	5IA1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38076	OC1Cc2cc3c4[nH]c5c(cccc5oc-4c4ccn1n24)C1/C(=C\C=C\CCC3)C=Nc2ccccc21	Pocket2Mol	5IA1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38077	CCc1cc(O)c2c(c1)-n1c(cc3ccccc31)/C(N1CC=NC(c3ccccc3F)C1)=N\C/C=C\C(OC)=C1\C=C12	Pocket2Mol	6O0O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38078	COC1=C2\C(C)=C2c2ccccc2-n2c(cc3ccccc32)/C(N2CCNC(c3ccccc3)C2)=N\C/C=C\1	Pocket2Mol	6O0O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38079	CCc1cc(O)c2c(c1)-n1c(cc3ccccc31)/C(N1CC=NC(c3ccccc3)C1)=N\C1C=CC(O)=C3C=C2C31	Pocket2Mol	6O0O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38080	COC1=C2\C=C2c2c(O)cc(CN)cc2-n2c(cc3ccccc32)/C(N2CC=NC(c3ccccc3F)C2)=N\C/C=C\1	Pocket2Mol	6O0O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38081	COc1ccc(N=C(c2cc3ccccc3n2-c2cccs2)N2CCN(C)CC2)cc1	Pocket2Mol	6O0O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38082	CC(C)(O)C(N)=O	Pocket2Mol	5YUM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38083	CC(=O)CC(=O)O	Pocket2Mol	5YUM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38084	CC(C)(N)C(=O)O	Pocket2Mol	5YUM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38085	Cc1cocc1C	Pocket2Mol	5YUM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

38071 to 38085 of 73725 items. Total 4915 pages.