DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
38086 CC1=CC2=C(C=C3C4=C(CCC13C)c1ccccc1CC4O)OC1CCCN(C1)C(=O)CCC2 Pocket2Mol 5X74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38087 CC12CCC3=C(CCc4ccccc43)C1=CC1=C(CC(c3ccccc3)=CC1)C(=O)C2 Pocket2Mol 5X74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38088 CC12CCC3=C(CCc4ccccc43)C1=CC1=C(CC(c3ccc(F)cc3)=CC1)C(=O)C2 Pocket2Mol 5X74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38089 CC12CCC3=C(C(=O)Cc4ccccc43)C1=CC1=C(CC3=C(CCc4ccccc43)C1)C(=O)C2 Pocket2Mol 5X74 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38090 Oc1cccc(C2=CC=CC3CCCCC23)c1O Pocket2Mol 5X74 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38091 NS(=O)(=O)c1ccc(N2CCc3ccccc3C2)cc1 Pocket2Mol 4BF1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38092 CCC1=C=C(N)C(=O)N(c2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)C1 Pocket2Mol 4BF1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38093 CCC1CC(N)C(=O)N(c2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)C1 Pocket2Mol 4BF1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38094 NS(=O)(=O)c1ccc(N2C=Cc3ccccc3C2)cc1 Pocket2Mol 4BF1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38095 O=C(O)c1cncnc1 Pocket2Mol 4LM2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38096 Cc1ccc(O)cc1O Pocket2Mol 4LM2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38097 Oc1ccc(Cl)c(O)c1 Pocket2Mol 4LM2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38098 Nc1cc(N)ncn1 Pocket2Mol 4LM2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38099 O=C(O)c1ccc2c(c1)CC(C1=CC=CS(=O)(=O)N1)=N2 Pocket2Mol 5FL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38100 CC1=C2CC(C(N)=O)=CC=C2N=C1C(=O)NS(C)(=O)=O Pocket2Mol 5FL4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

38086 to 38100 of 73725 items. Total 4915 pages.