DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
38146 CCC1c2ccc(Cl)cc2Cc2cc3ccc(O)cc3cc21 Pocket2Mol 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38147 CC1=C(c2cccc(C(N)=O)c2)C(C)C2c3c(C)cccc3OC12 Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38148 Cc1ccc2ccccc2c1 Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38149 Cc1ccccc1C(=O)N(C)Cc1ccc(C=CC(=O)O)cc1 Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38150 CC(=O)C1c2cc3ccc(C)cc3cc2CC(C(=O)O)C1C Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38151 CCNC(=O)c1cc2ccc(C)cc2cc1-c1cnc(N)s1 Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38152 CC12c3nc4ccccc4cc3CCC1C(=O)NC2C(=O)NO Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38153 Cc1ccc2c(c1)N(C)C(c1cc3c(C)cccc3cc1C)CO2 Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38154 O=C1CCC2CCC3CC24C(=CCCC14)CC3c1cccc(F)c1 Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38155 CC12Cc3ccc(O)cc3CC1=CC=C2C(=O)O Pocket2Mol 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38156 C=C1/C=C2\C=CC(=O)C3=C2C(C=C3)C(C)CC(C)(C)C1 Pocket2Mol 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38157 Cc1c(O)c2c(c3c1OC1=CC=CC4=NOC3C14)OCCC2(C)C Pocket2Mol 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38158 CC12CC34CCC1CCCC2CC3=CC=CC4C(=O)O Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38159 CC12CC3=CC4C=CC(O)=CC4C=C3C(C(O)CC1=O)C2O Pocket2Mol 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38160 CC=C1C=C(CNC)c2cc(Oc3ccccc3F)ccc2CC1 Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

38146 to 38160 of 73725 items. Total 4915 pages.