DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
38191 CC=Cc1cc2ccccc2c2ccccc12 Pocket2Mol 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38192 CC(C)=C1C(=O)C[C@@]2(C(=O)O)C(=O)C(C)(C)C[C@@]12C Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38193 Cc1ccc2c(c1)Cc1cc3ccc(O)cc3cc1C2C(=O)O Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38194 NC(=O)Cc1cccc(CCc2ccc3ccccc3c2)c1 Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38195 COC1=C2CC=CC=C2Oc2c(C)c(O)c3c(c21)OCCC3(C)C Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38196 CC1=CCC2C(=C1)N(C)C1CC2CCc2cc3ccccc3cc21 Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38197 Cc1ccc2c(c1)Oc1cc3ccc(O)cc3cc1C2C(=O)O Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38198 Cc1ccc2c(c1)Nc1cc3ccc(O)cc3cc1C2C(=O)O Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38199 CN(C(=O)c1ccccc1)c1cccc2c1ccc1ccsc12 Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38200 O/C1=C/Cc2c3c(cc/c2=C/CC2=CCN=C21)=NC=CC3 Pocket2Mol 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38201 O=C(O)C1=CC2CCC13C(=CCc1nc4ccccc4nc13)C2 Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38202 CC12C(=CC=C3NN(O)C(=O)C31)C=Cc1nc3ccccc3nc12 Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38203 CC1=C(c2cccc(C(N)=O)c2)C(C)C2c3ccccc3OC12 Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38204 O/C1=C/Cc2c3c(cc/c2=C/CC2=CC=C=C21)=NC=CC3 Pocket2Mol 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38205 COC1=CCC2=C3CC(O)C(=O)C4CCC/C4=C/C=C\3CCC2=C1 Pocket2Mol 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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