Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
38251	O=C1N2C=C3Cc4cc5c(ccc6ccccc65)cc4CC3=CC2CC2COCC(CO)N12	Pocket2Mol	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38252	CCCOc1ccc2c(c1)cc(F)c1cc3c(cc12)CC1=CN2CN4C(C)C(O)C(O)C4C=C2N=C1N3C	Pocket2Mol	1H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38253	CN1C2=CC3CC(=O)N(C4CCNC4)C(=O)N3C=C2Cc2cc3c4c5c(cc3cc21)N=CC5=CC=CC4	Pocket2Mol	1H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38254	O=C1CC(O)CC2C3CCC4=C3N(C=C3Cc5cc6c(cc5C=C34)Cc3ccccc3C6)CN12	Pocket2Mol	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38255	CC1C(O)N=CC2CC3=CC4Oc5cc6oc(=O)n(C)c(=O)c6cc5CC4=CN3CN21	Pocket2Mol	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38256	CN1C2=CC3CC4CC(O)C(CO)N4C(=O)N3C=C2Cc2cc3c(cc21)C1=CC=CC2=CC=C=C(C3)C21	Pocket2Mol	1H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38257	CCCOc1ccc2c(c1)cc(F)c1cc3c(cc12)CC1=CN2CN4C(C=C2N=C1N3C)CC(O)C4C	Pocket2Mol	1H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38258	Cc1nc2ccc(O)cc2c2cc3c(cc12)CC1C(=CN2CN4C(=O)CC(O)CC4CC2=C1O)C3	Pocket2Mol	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38259	CCC1CCC2(Cc3cc(-c4ccnc(CNc5cc6ccc(O)cc6cc5O)c4)cc(C)c3C(=O)O2)C1	Pocket2Mol	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38260	C1CC2CCC1C2	Pocket2Mol	1H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38261	Cc1cc2c(c3cc4c(cc13)CC1C=C3CC5CC(O)C(O)C(=O)N5CN3C=C1C4)C=NCC2=O	Pocket2Mol	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38262	CC1CCN(C(=O)c2cccc(C3=CCC4=CN5C(=O)N6CC(O)C(O)CC6CC5=CC4=C3)c2)C1	Pocket2Mol	1H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38263	Cc1cc2c(c3cc4c(cc13)CC1C(=CN3CN5C(=O)C(N)C(O)CC5CC3=C1O)C4)CC=CO2	Pocket2Mol	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38264	CCNC(=O)C1Cc2cc(-c3ccnc(CNc4cc5ccncc5cc4O)c3)cc(C)c2C(=O)O1	Pocket2Mol	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38265	CC=C1C=c2ccc3c(c2CC1)CC(C1=CCC2=CN4C(=O)N([C@H]5CCNCN5)C=CC4=CC2=C1)=CC=3	Pocket2Mol	1H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

38251 to 38265 of 73725 items. Total 4915 pages.