Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
38281	O=C1N2C=C3CC=C(C4=CC=C5CCC=C(OCCO)C=C5C4)C=C3C=C2C=CN1C1CCNCN1	Pocket2Mol	1H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38282	Cc1cc2ccncc2c2cc3c(cc12)C=C1C=C2CC4CC(O)C(O)C(=O)N4CN2C=C1C3	Pocket2Mol	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38283	O=C1N2C=C3CC=C(C4=CCCC(=CCCCCCO)C4)C=C3N[C@@H]2C=CN1[C@H]1CCNCN1	Pocket2Mol	1H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38284	CN1C2=CC3CC4CC(O)C(CO)N4C(=O)N3C=C2Cc2cc3c(ccc4ccccc43)cc21	Pocket2Mol	1H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38285	O[C@@H]1CO[C@H]2C[C@H]3CC4=CC(c5cccc(C=CC=C6NC=CCS6)c5)=CCC4=CN3CN2[C@@H]1O	Pocket2Mol	1H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38286	O=C1C(CO)=CCc2cc3c(cc21)CC1=CN2CN4C(=O)C(O)C(O)CC4CC2=C(O)C1=C3	Pocket2Mol	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38287	COC1=CC=C2c3cc(C4=CCC5=CN6C(=O)N7C8CCCC(C8)CC7CC6=CC5=C4)ccc3C=CN2C1	Pocket2Mol	1H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38288	Cc1cc2ccc(O)cc2c2cc3c(cc12)CC1C(=CN2CN4C(=O)CC(O)CC4CC2=C1O)C3	Pocket2Mol	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38289	CC1CC(=O)N2CN3C=C4CC=C(c5cccc(C(=O)Nc6ccccc6)c5)C=C4C(O)=C3CC2C1	Pocket2Mol	1H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38290	CC1Cc2cccc(CCC3=CCC4=CN5C(=O)N(C6CCNCN6)C=CC5=CC4=C3)c2CO1	Pocket2Mol	1H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38291	OC1CC(O)N(c2cccnc2)C1	Pocket2Mol	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38292	CNC(=O)CC=Cc1cc(C2=CCC3=CN4CN5[C@H](C[C@H]4CC3=C2)OC[C@@H](O)[C@H]5O)cs1	Pocket2Mol	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38293	O=C1N2C=C3CC=C(C4=CC=c5ccc6c(c5C4)CC=CC=6O)C=C3C=C2C=CN1C1CCNCN1	Pocket2Mol	1H36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38294	C1NCC2CC1CN2	Pocket2Mol	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38295	Cc1cc2sccc2c2cc3c(cc12)CC1C(=CN2CN4C(=O)C(O)C(O)CC4CC2=C1O)C3	Pocket2Mol	1H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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