DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
38296 Cc1ccc(C2CC(=O)N(C)C3=CCC=C32)cc1N Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38297 CCNCc1ccc(OC)cc1C Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38298 CCc1cc(F)cn2cccc12 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38299 CCN=CCC1=C(C)C(=O)[C@@H]2CC=C(C[C@@H](C)N3N=C4Cc5ncccc5C=C4C3=O)OC2=C1 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38300 NC(=O)CC=Cc1cc(C2=CCC3=CN4CN5[C@H](C[C@H]4CC3=C2)OC[C@@H](O)[C@H]5O)cs1 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38301 NC(=O)C1=CCc2c3c(ccc2=C1)=CC=C(C1=CCC2=CN4C(=O)N(C5CCNCN5)C=CC4=CC2=C1)C3 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38302 COc1cc2c(cc1OC)OCCC2 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38303 Cn1ccc2c1=CC1=CC3OCC4CCC(C4)N3C(=O)N1C=2 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38304 NC(=O)C1Cc2cccc(CCC3=CCC4=CN5C(=O)N(C6CCNCN6)C=CC5=CC4=C3)c2CO1 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38305 Cc1cc2c(c3cc4c(cc13)OC1C=C3CC5CC(O)C(O)C(=O)N5CN3C=C1C4)C=NCC2=O Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38306 CC1CCC2(Cc3cc4c(cc3-c3cocc32)N(C)C2=CC3CC5CC6CCOCC6N5CN3C=C2C4)O1 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38307 CC1=C2Cc3cc4c5c(c6ccccc6c4cc3CC2=CN2C(=O)N3C(CO)COCC3CC12)=CCC=5 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38308 CN1C2=CC3CC4CC(O)C(CO)N4C(=O)N3C=C2Cc2cc3c(ccc4cc(O)ccc43)cc21 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38309 CCCOc1ccc2ccc(C3=CCC4=CN5C(=O)N6CC(O)C(O)CC6CC5=CC4=C3)cc2c1 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38310 CCC1=CCc2c3c(ccc2=C1)=CC=C(C1=CCC2=CN4C(=O)N(C5CCNCN5)C=CC4=CC2=C1)C3 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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