DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
38341 O=C1C(O)C(O)CC2=CC3=CC4=Cc5cc6ccc7ccccc7c6cc5CC4=CN3CN12 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38342 O=c1cc2n(c(=O)n1C(O)C(F)(F)F)C=C1CC=CC1C2 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38343 CN1C2=CC3CC(=O)N(C4CCNC4)C(=O)N3C=C2Cc2cc3c4c(ccc3cc21)CC=CC4 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38344 O=C(O)CC1COc2ccccc2C1 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38345 CCC1=CCc2c3c(c(=O)oc2=C1)=CC=C(C1=CCC2=CN4C(=O)N(C5CCNCN5)C=CC4=CC2=C1)C3 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38346 O=C1N2C=C3CCC(O)C3=CC2=CC2OCC3CC(CN3)N12 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38347 CC1=CC2(C=C1)Cc1cc(-c3ccnc(CNc4cc5ccncc5cc4O)c3)cc(C)c1C(=O)O2 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38348 O=C1[C@H](O)CO[C@H]2C[C@H]3CC4=CC(c5cccc(C=CC=C6C=CC=N6)c5)=CCC4=CN3CN12 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38349 O=C1OCC(=O)c2c(Cl)cccc21 Pocket2Mol 5ORJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38350 Cc1cccc2c1CC=CC2=O Pocket2Mol 5ORJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38351 CCC(C)(C=O)c1ccccc1 Pocket2Mol 5ORJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38352 Cc1c(O)ccc2c1C=CCC2=O Pocket2Mol 5ORJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38353 Cc1cccc2c1CC(O)CC2=O Pocket2Mol 5ORJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38354 O=C1CC=Cc2c1ccc(O)c2O Pocket2Mol 5ORJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38355 Cc1ccc2c(c1)CC=CO2 Pocket2Mol 5ORJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

38341 to 38355 of 73725 items. Total 4915 pages.