Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
38401	Cc1ncc(O)c(C)c1-c1ccc2c(c1)OC(F)C(O)O2	Pocket2Mol	1COY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38402	CCC1CCC23CC4CC4C2C(O)=Cc2cccc1c23	Pocket2Mol	1COY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38403	CC1=C2CC3CCC(CC3)C2CC2=C1CCC(O)C2C	Pocket2Mol	1COY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38404	O=C1CC2CCCc3ccc4c(c32)C12C1CC12C(O)=C4	Pocket2Mol	1COY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38405	Cc1cc2c3c4c(cccc4cc2cc1O)C(O)CC3	Pocket2Mol	1COY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38406	CC1CCCc2ccc3c(c21)C(O)C1(C)CCCC1C3=O	Pocket2Mol	1COY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38407	CC1=CC2(C)Cc3c(ccc(C)c3C(=O)O)CC2=CC1=O	Pocket2Mol	1COY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38408	O=C1CC(CO)C(O)c2c1ccc1c2CCCC1	Pocket2Mol	1COY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38409	CC1=C2CCCCCC2CC2=C1CCC(O)(O)C2	Pocket2Mol	1COY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38410	CC1=CC(CO)C2NC3CCC(C)(C)c4ccc(c2c43)O1	Pocket2Mol	1COY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38411	Cc1ccc2ccc3c(c2c1)CCc1ccccc1-3	Pocket2Mol	1COY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38412	O=c1c2ccc3nc4ccccc4cc3c2ccn1O	Pocket2Mol	1COY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38413	FC1=CC2=C(CC(=C3CCCCC3)C=C2)N2CCCC[C@H]12	Pocket2Mol	1COY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38414	CC1(O)CC2=CCc3c(C(=O)O)ccc4ccc(c2c34)C1	Pocket2Mol	1COY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
38415	O=c1c2c(oc3ccc(C(F)(F)F)cc13)OC(O)C2	Pocket2Mol	1COY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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