DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
38416 C=CCC(C)(C)C1=CC(C)=C2CCCCC2(C)C1 Pocket2Mol 1COY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38417 CC1CCC2(C)C=Cc3ccc([N+](=O)[O-])cc3C12 Pocket2Mol 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38418 CC(O)(CC1=CCC2C=Cc3cc(O)ccc3C12)C(=O)O Pocket2Mol 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38419 CC1=C(c2ccc3c(c2)OCC(O)O3)CNC1=O Pocket2Mol 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38420 O=CC1=C(O)C=C2C(=CC=C3C(=O)CCCC32)O1 Pocket2Mol 1COY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38421 CC12C=CC(=O)C=C1Cc1cc(F)cc3c1C2OCC3=O Pocket2Mol 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38422 c1cc2c(c3c1CCCC3)CCC1=C2CCCC1 Pocket2Mol 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38423 O=C(O)c1ccc2c(c1)-c1cccc3c1C(CCC3=O)N2 Pocket2Mol 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38424 O=C(O)c1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1 Pocket2Mol 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38425 CC1(C)C(=CO)C=CC2=C1C[C@H]1CCCc3cccc2c31 Pocket2Mol 1COY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38426 CC1=C2CCCCC2(C)CC(C2(C)CCOC(=O)C2)=C1 Pocket2Mol 1COY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38427 CC1(O)Cc2ccc3ccc(C(=O)O)c4c3c2C(CC4)C1 Pocket2Mol 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38428 Cc1ccccc1-c1ccc2c(c1)CC(C)(O)CO2 Pocket2Mol 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38429 CC1=C2CC3CCC(C3)C2CC2=C1CCC(O)C2C Pocket2Mol 1COY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38430 Cc1c(O)cccc1-c1ccc2c(c1)CCC(O)O2 Pocket2Mol 1COY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

38416 to 38430 of 73725 items. Total 4915 pages.