DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
38311 Cc1cc2ccccc2c2cc3c(cc12)C=C1C=C2C=C4CC(O)C(O)C(=O)N4CN2C=C1C3 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38312 CC1=C2Cc3cc4c5c(c6c(c4cc3CC2=CN2C(=O)N3C(CO)COCC3CC12)=CC=CC6)C=CC=5 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38313 CN1C2=CC3CC4CC(O)C(CO)N4C(=O)N3C=C2Cc2cc3c(cc21)-c1cccc2cccc(c12)C3=O Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38314 O=C(c1cccc(C2=CCC3=CN4C(=O)N5CC(O)C(O)CC5CC4=CC3=C2)c1)N1C=CC=CC1 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38315 O=C1N2C=C3CC=C(CCc4cccc5c4COCCO5)C=C3C=C2C=CN1C1CCNCN1 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38316 CN1C2=CC3CC(=O)N(C4CCNC4)C(=O)N3C=C2Cc2cc3c4c5c(cc3cc21)COC5=CC=CC4 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38317 OCc1ccccc1 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38318 CCCN1C=CC(c2cccc(N3CCC4=CN5C(=O)N(C6CCCC6)C(O)CC5C=C4C3)c2)C1=O Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38319 CCc1ccccc1 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38320 c1ccc2nc3ccncc3cc2c1 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38321 CN1C=NCCC1 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38322 Cc1nc2ccc(O)cc2c2cc3c(cc12)CC1C(=CN2CN4C(=O)C(O)C(O)CC4=CC2=C1O)C3 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38323 Cc1cc2sccc2c2cc3c(cc12)CC1C(=CN2CN4C(=O)CC(O)CC4CC2=C1O)C3 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38324 CN1Cc2c3ccnc-3ccn2C1 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38325 CC1CCCC1c1ccc(-c2ccc(N3Cc4cccc(CN5CCCNC5=O)c4C3=O)cc2)cn1 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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