DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
38266 CC1=C2Cc3cc4c5c(c6ccccc6c4cc3CC2=CN2C(=O)N3C(CO)COCC3CC12)=C=CC=5 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38267 FC(F)(F)Oc1ccc2ccccc2c1 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38268 O=C1OCC2C=C3C=C4Cc5cc(C6=NN=CC6)ccc5CC4=CN3C(=O)N2C1CO Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38269 CC1=C2Cc3cc4c5ccccc5c5ccccc5c4cc3CC2=CN2C(=O)N3C(CO)COCC3CC12 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38270 Cc1cc2sccc2c2cc3c(cc12)CC1C(=CN2CN4C(=O)CC(C)CC4=CC2=C1O)C3 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38271 O=C(c1cccc(C2=CCC3=CN4C(=O)N5CC(O)C(O)CC5CC4=CC3=C2)c1)N1CCC(O)C1 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38272 CC1=C2Cc3cc4c5c(c6c(c4cc3CC2=CN2C(=O)N3C(CO)COCC3CC12)=CC=CC6)CCCC=5 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38273 CC(=O)C1=CCc2c3c(ccc2=C1)=CC=C(C1=CCC2=CN4C(=O)N(C5CCNCN5)C=CC4=CC2=C1)C3 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38274 Cc1cc2sccc2c2cc3c(cc12)CC1C(=CN2CN4C(=O)CC(C)CC4CC2=C1O)C3 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38275 Cc1ccccc1-c1cccc(N)c1 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38276 O=C1N2C=C3CCC(O)C3=CC2=CC2OC3OC4CC(CC43)N12 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38277 O=C1N2C=c3ccccc3=CC2=CC2OC3CCC(CC3)N12 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38278 C1=Nc2ccncc2N2CNCCC12 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38279 Nc1cccc(C2CCC(=O)C3=NCC=C32)c1 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38280 O=C1C(O)C(O)CC2CC3=CC4Cc5cc6ccc7ccccc7c6cc5CC4=CN3CN12 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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