DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
38236 Cc1cc(C2=CC(O)=CCCC2)cc2c1OC(O)c1ccccc1-2 Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38237 Cc1cc2c(cc1O)C(Nc1ccccc1)CCC2 Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38238 CC1=C(Cc2ccccc2)C(=Cc2cccc(C)c2)CCC1=O Pocket2Mol 2AZY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38239 CC=C(c1cc(C)c2c(c1)C(CC)C[C@H](O)O2)[C@H](C)CC Pocket2Mol 2AZY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38240 C1=CN(c2ccc(-c3ccc(C4C5CCOC4CC5)nc3)cc2)Cc2c1ccc1ccccc21 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38241 O=C1N2C=C3CC=CC3=CC2=CCN1C1OCC(O)C1F Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38242 NC=CC1=CC=CC1 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38243 Cc1cc2ccc(O)cc2c2cc3c(cc12)CC1C(=CN2CN4C(=O)C(O)C(O)CC4CC2=C1O)C3 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38244 Cc1cc2ccc(O)cc2c2cc3c(cc12)CC1C(=CN2CN4C(=O)C(N)C(C)CC4CC2=C1O)C3 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38245 COC1=CC=CC2=CC=C(C3=CCC4=CN5C(=O)N(C6CCNCN6)C=CC5=CC4=C3)CC2=C1 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38246 O=C1N2C=C3CC=C(c4cccc(-c5cnn6c5CCCC6)c4)C=C3C=C2CC2CC(O)C(O)CN12 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38247 CCCOc1ccc2c(c1)cc(F)c1cc3c(cc12)CC1=CN2CN4C(CC(O)C4C)CC2N=C1N3C Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38248 Cc1cc2c(c3cc4c(cc13)CC1C(=CN3CN5C(=O)C(N)C(C)CC5CC3=C1O)C4)CCCO2 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38249 CN1C2=CC3CC(=O)N(C4CCNC4)C(=O)N3C=C2Cc2cc3c4c(ccc3cc21)C=CC=CC4 Pocket2Mol 1H36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
38250 OC1CCCOC1c1ccc(-c2ccc(N3C=Cc4ccc5ccccc5c4C3)cc2)cn1 Pocket2Mol 1H36 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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