DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
40411 Oc1ccc2c(O)cccc2c1 Pocket2Mol 4XTY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40412 O=c1cccc[nH]1 Pocket2Mol 4XTY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40413 CN1CCN(c2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)C(=O)C1 Pocket2Mol 6H38 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40414 NS(=O)(=O)c1ccc(-n2cc(F)ccc2=O)cc1 Pocket2Mol 6H38 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40415 NS(=O)(=O)c1ccc(-n2cc(C(=O)O)ccc2=O)cc1 Pocket2Mol 6H38 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40416 Cc1ccnc(-c2cc(S(N)(=O)=O)co2)c1 Pocket2Mol 6H38 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40417 C1=CN=C(n2cccc2)N=1 Pocket2Mol 6E7R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40418 N=c1cc2n3c(n1)N1C(=O)N4CCOCC4=CC1=CC3OCC(=O)N2 Pocket2Mol 6E7R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40419 OC1C=C2C=C3C=CC=CN3CN2C2=NC3=NC=NC3C(OCCOc3ccc(Cl)cc3)N21 Pocket2Mol 6E7R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40420 O=c1cc[nH]c(=O)[nH]1 Pocket2Mol 6E7R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40421 O=C(O)CC1=CCCC23CCc4c(C(=O)O)c5c(c(O)c4C2CC1C3)CCCC5 Pocket2Mol 5UFS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40422 C=C(C)c1cc(C(=O)O)c2c(c1)C1CC34C=CC(O)=CC3=CCCC1(CC2)C4 Pocket2Mol 5UFS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40423 CC1=CC2=CCCC34CCc5c(C(=O)O)cc(C(C)(C)C)cc5C3CC2(C=C1)C4 Pocket2Mol 5UFS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40424 CC1=CC2=CCCC34CCc5c(cc6ccccc6c5C(=O)O)C3CC2(C=C1)C4 Pocket2Mol 5UFS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40425 O=C(O)CC1=CCCC23CCc4c(C(=O)O)c5c(c(O)c4C2CC1C3)CC=CC5 Pocket2Mol 5UFS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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