DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
40471 OC1C2OCCOC2C(c2cc3ccccc3cn2)N2Cc3c(F)cccc3CC12 Pocket2Mol 6DH1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40472 O=C1NCCc2cc(C3C4OCCOC4C(O)C4Cc5ccccc5CN43)ncc21 Pocket2Mol 6DH1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40473 Cn1nnc2ccccc21 Pocket2Mol 6DH1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40474 O=c1[nH]c2c(C(F)(F)F)cccc2c(=O)n1C1c2ccccc2CCC1F Pocket2Mol 6KJD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40475 Cc1ccccc1NCc1cccc2c1Nc1nccc(O)c1C2 Pocket2Mol 6KJD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40476 Cc1c(CN)c(=O)[nH]c2c(C(=O)Nc3ccccc3CO)cccc12 Pocket2Mol 6KJD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40477 NC(F)(F)c1cccc2c(=O)n(C3c4ccccc4CCC3F)c(=O)[nH]c12 Pocket2Mol 6KJD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40478 Cc1ccccc1NC(=O)c1cncc2cc(CO)c(=O)[nH]c12 Pocket2Mol 6KJD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40479 Cc1ccc2cccnc2c1 Pocket2Mol 6BBX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40480 Cc1ccc2ccccc2c1 Pocket2Mol 6BBX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40481 N=C1Cc2ccc(F)cc2C(=O)N1 Pocket2Mol 6BBX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40482 c1ccc2ncccc2c1 Pocket2Mol 6BBX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40483 CN1c2cccc(Oc3c(O)ccc4c3C(=O)CCC4N)c2C2CCC(O)CC21 Pocket2Mol 5O9Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40484 CN1c2cccc(Oc3cccc4c(N)c[nH]c(=O)c34)c2C2C=CC=C(C(=O)O)C21 Pocket2Mol 5O9Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40485 CN1c2cccc(Oc3cccc4c3C(=O)NC(=O)C4O)c2C2C=CC=C(C(=O)O)C21 Pocket2Mol 5O9Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

40471 to 40485 of 73725 items. Total 4915 pages.