DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
40516 O=C1C2=C(CC3C(O)CCCN13)C1(CC2)CC(C2(O)CCc3c2ccc2ccccc32)=CCC1=O Pocket2Mol 6OQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40517 COc1ccc2c(c1)-c1cccc3c1N1C2=Cc2cc(C)ccc2C1CC3 Pocket2Mol 6OQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40518 O=C1C2=C(CC3CCCCN13)C1(CC2)CC(C2(O)CCc3c2ccc2ccccc32)=CCC1=O Pocket2Mol 6OQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40519 O=C1C2=C(CC3CCCCN13)C1(CC2)CC2=C(C=Cc3cc4ccccc4c4c3C2CC4)CC1=O Pocket2Mol 6OQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40520 O=C1C2=C(CC3CCC(O)CN13)C1(CC2)CC(C2(O)CCc3c2ccc2ccccc32)=CCC1=O Pocket2Mol 6OQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40521 C1=CCC=C1 Pocket2Mol 6OQC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40522 CCc1cccc2c1CCC2(C)C1=CCC(=O)C2(CCC3=C2CC2C(O)CC(C)(O)CN2C3=O)C1 Pocket2Mol 6OQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40523 Cc1ccc2c(ccn2C)c1 Pocket2Mol 5AOL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40524 Cc1cccc2ccc(O)cc12 Pocket2Mol 5AOL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40525 Cc1ccc2ccc3ccccc3c2c1 Pocket2Mol 5AOL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40526 Cc1cc(N)n2nccc2c1 Pocket2Mol 5AOL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40527 Cc1cc(N2CCCC2)c2c3c(ncnc13)C(=O)NC2 Pocket2Mol 6G35 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40528 CNCC(=O)C=C1CN=C2N=CC(C(=O)O)=C12 Pocket2Mol 6G35 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40529 OC1COCC(O)N2C1=Cn1cnc3ncnc2c31 Pocket2Mol 6G35 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40530 O=C1C2C(O)COCC(O)N2c2ncnc3ncn1c23 Pocket2Mol 6G35 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

40516 to 40530 of 73725 items. Total 4915 pages.