DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
40966 Oc1ccc2c(N=CC=Cc3ccc(F)cn3)cc3cccc(O)c3c2c1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40967 CCCCc1ccc(C2CN(C)C(=O)C2N)cc1OC Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40968 Cc1ccccc1Cc1ccc(C2=NNc3cc(C)c(=O)n(C)c3N2)cc1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40969 O=C(O)C(O)C1CCNC(C2=C(O)C3CC=CCC3C=C2)CN1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40970 Cc1c(O)cc(C(=O)O)cc1Cc1ccc(C(=O)NC2CCc3ccccc3N2)cc1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40971 Cc1cc(C(=O)O)cc(Cc2ccc(C3=COc4cc(C)c(=O)[nH]c4N3)cc2)c1C Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40972 Oc1ccc2ccccc2c1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40973 Cc1ccc(C(=O)O)cc1Cc1ccc(C2C=Nc3nc(C)c(=O)n(C)c3N2)cc1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40974 O=c1ncc2cncnc2[nH]1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40975 CN(C(=O)Cc1cc2cc3c(cc2o1)C=CC(=O)C3)c1cccc(F)c1 Pocket2Mol 5D7N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40976 CN1C=Cc2cc(F)c3ncccc3c2N1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40977 Cc1ccc(C(=O)O)cc1Cc1ccc(C(=O)NC2=CCc3cnccc3N2C)cc1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40978 COCCc1ccc(-c2ccc(Oc3ccccc3C(=O)O)c(C(=O)O)c2)cc1OC Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40979 c1ccc(-c2cn[nH]n2)cc1 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40980 CC(=O)NC(=O)NC1CC2CCC13C(=O)NC=CC3C2 Pocket2Mol 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

40966 to 40980 of 73725 items. Total 4915 pages.