DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
40996 O=C(O)c1cc2c3c(c1)CC(O)C(O)N3CCC2 Pocket2Mol 5NZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40997 CC1CC(O)N2CCCc3cc(C(=O)O)cc1c32 Pocket2Mol 5NZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40998 CCC1CN(C)C(=O)C(C)=C2CC(O)C(O)C(O)N21 Pocket2Mol 5NZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40999 O=C(O)c1cc2c3c(c1)CC(O)C(O)N3C(O)CC2 Pocket2Mol 5NZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41000 Cc1c2c(c(O)c(O)c1C(=O)O)CCC(O)O2 Pocket2Mol 5NZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41001 O=C1CN2c3c(cc(C(=O)O)cc3N1)CC(O)C2O Pocket2Mol 5NZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41002 Cn1ccc2ccc(O)c(C=C3C[C@]45CC=C(O)[C@H](C[C@H]4c4c3ccc3ccc(Oc6c(F)cccc6-c6ccoc6)cc43)C5)c2c1=O Pocket2Mol 6NE5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41003 CC1=C[C@H](C)[C@@]23CC(=Cc4c(O)ccc5cc[nH]c(=O)c45)c4ccc5ccc(Oc6c(F)cccc6-c6ccsc6)cc5c4[C@@H]2C[C@@H]1C3 Pocket2Mol 6NE5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41004 C[C@H]1CC[C@@]23CC(=Cc4c(O)c(O)cc5cc[nH]c(=O)c45)c4ccc5ccc(Oc6c(F)cccc6-c6ccccc6)cc5c4[C@@H]2C[C@@H]1C3 Pocket2Mol 6NE5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41005 C[C@@]12CC[C@]3(CC(=Cc4c(O)cccc4C(=O)O)c4ccc5ccc(Oc6c(F)cccc6C(=O)O)cc5c4[C@@H]3C1)C2 Pocket2Mol 6NE5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41006 O=C1NC=CCC1(F)F Pocket2Mol 5NYA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41007 NS(=O)(=O)N1CCCC1 Pocket2Mol 5NYA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41008 NS(=O)(=O)C1=CC=NC1 Pocket2Mol 5NYA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41009 NS(=O)(=O)C1=C=CC=C1 Pocket2Mol 5NYA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41010 NC(=O)C(=O)NO Pocket2Mol 5NYA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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