DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
41086 Cn1c(C(=O)O)cnc(CC2Cc3c(ccc(C(=O)O)c3OP(=O)(O)O)CO2)c1=O Pocket2Mol 6BS4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41087 Cc1cc(CC2Cc3c(ccc(C(=O)O)c3OP(=O)(O)O)CO2)nc2ccncc12 Pocket2Mol 6BS4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41088 NC(=O)C1=CN=C(CC2CCc3ccc(C(=O)O)c(OP(=O)(O)O)c3C2)C(=O)C1N Pocket2Mol 6BS4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41089 Nc1ncnc2cc(CC3CCc4ccc(C(=O)O)c(OP(=O)(O)O)c4C3)ncc12 Pocket2Mol 6BS4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41090 O=C(O)c1cnc(CC2Cc3c(ccc(C(=O)O)c3OP(=O)(O)O)CO2)c(=O)[nH]1 Pocket2Mol 6BS4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41091 O=C1N=CC=C2N=C(CC3Cc4c(ncc(C(=O)O)c4OP(=O)(O)O)CO3)C(O)=C12 Pocket2Mol 6BS4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41092 Nc1cc(C=O)ccc1OC1COC(CO)C(O)C1O Pocket2Mol 5HVA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41093 Cc1c(Cl)cc2c(c1N)Oc1ccc(N)nc1C2 Pocket2Mol 5HVA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41094 CNC1OCC(Oc2cc(F)c(O)cc2N)C(O)C1O Pocket2Mol 5HVA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41095 Nc1cc(O)c(F)cc1OC1COC(NO)C(O)C1O Pocket2Mol 5HVA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41096 NC1NC(NCC(=O)O)=C(O)c2cc(O)ccc21 Pocket2Mol 5HVA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41097 COc1c(O)c2cncc3[nH]c4nc5[nH]c6ccc(O)cc6cc5c4c(c1OC)c32 Pocket2Mol 5CAQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41098 COc1c2c(c3cncc4[nH]c5nc6[nH]c7ccc(O)cc7cc6c5c1c43)CCCO2 Pocket2Mol 5CAQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41099 COC1=C2c3c4cc5cc(O)ccc5[nH]c-4nc3NC3=CN=C(c4ccc(=O)oc41)C32 Pocket2Mol 5CAQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41100 CNCc1ccc2c(c1)N1C3=CC(=O)N(C)C(=O)C3=NCC=C1C2(C)O Pocket2Mol 5CAQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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