DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
41146 Cc1ccc(C(=O)O)cc1 Pocket2Mol 5FNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41147 CCCC(=O)OP(=O)(O)OCC1OC2C=Cc3cccc(O)c3C2C(O)C1O Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41148 COc1ccc2cc(O)ccc2c1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41149 Nc1ccccc1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41150 O=C1C=CC(c2c(O)cc3[nH]c(=O)c4c(c3c2O)OC2C(=C4)OC(=O)CC2O)CC1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41151 O=P1(O)OCCOCC2=C=C(OCCOP(=O)(O)O1)C1=C(C2)C2(CCCO2)CCO1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41152 O=C1C(O)C(O)C2OC(c3cccc(CN4CCCC4)c3O)=CC(O)C2C1O Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41153 COc1cccc2c1C1C(C=C2)OC(COP(=O)(O)OC(=O)CC(C)O)C(O)C1O Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41154 CC1CCN2C(=O)C3C(O)C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)CC3N3C(=O)CN=C3C12 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41155 CN1C2=C3C(C=C2)CCCCN3C(=O)C2CC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)CC21 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41156 O=P(O)(OCC1OC2C=Cc3c(O)ccc(O)c3C2C(O)C1O)OC1=COCC1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41157 Oc1c(CN2CCCC2)cccc1C1=COC2C(O)C(O)C(O)C(O)C2O1 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41158 CN1C(=O)C2C=CCCN2C(=O)C2CC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)CC21 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41159 CC1C=CC=C2c3cncn3C3CC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C4=CC=CC(C43)N21 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41160 Cc1ncc2c(O)c1/C=c1\cc(cc3c1=CC=CC3)O/C=C1/C=C=CC(=C1)OCC2 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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