DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
41191 O=C1C(=O)C2CC=C(c3cccc(CN4CCCC4)c3O)OC2C(O)C1O Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41192 NC1CCCC(c2ccc3[nH]c(=O)c4c(c3c2O)OC2C(=C4)OC(=O)CC2O)C1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41193 CCC(O)OP(=O)(O)OCC1CC(O)C2=C3C(=O)N=CC=C3C=CC2O1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41194 O=C1C=C2Oc3c(O)cc4cc5c(c(O)c4c3OC2C(O)C1)C(=O)C(C(=O)O)C(O)=C5 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41195 CC1=CC2OC(COP(=O)(O)OC(=O)C(=O)O)C(C)C(=O)C2C(CC(C)O)C1O Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41196 O=C(O)NC1CCOc2c(C3=CC(O)C(O)C4OC(=O)C(O)C(O)C4O3)cccc21 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41197 NC1CCCC(c2ccc3oc(=O)c4c(c3c2O)OC2C(=C4)OC(=O)CC2O)C1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41198 O=C(O)c1ccc(O)cc1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41199 CC(OC1C=CC(=O)CC1O)c1cccc(CCCC(N)=O)c1O Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41200 CC1=CCCC(c2ccc3c(c2O)C2=C(C(=O)C3)C(O)=C3OC(=O)CC(O)C3O2)C1 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41201 C1=CC=NC=1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41202 CC1(C2=CC3C=C(COCCOP(=O)(O)OP(=O)(O)OCCO3)C2)CCCO1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41203 COc1ccc2ccccc2c1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41204 c1ccc2ccccc2c1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41205 O=C(O)C1=COP(=O)(O)O1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

41191 to 41205 of 73725 items. Total 4915 pages.