Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
41161	CN1C2=C3C(CCCCN3C(=O)C3CC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)CC31)CC2	Pocket2Mol	3AF2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41162	CC(=O)OP(=O)(O)OCC1OC(C(=O)O)C(O)C(O)C1O	Pocket2Mol	3AF2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41163	O=C1CC(O)C2OC3=C(C(=O)Cc4ccc(C5CCCC(O)C5)c(O)c43)C(O)C2O1	Pocket2Mol	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41164	CN1C(=O)CCC2COc3c(C4=CC(O)C5CC(O)CC(O)C5O4)cc(O)cc3C21	Pocket2Mol	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41165	CN1C2CC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)CC2C(=O)N2CCCC3CCOC1C32	Pocket2Mol	3AF2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41166	Cc1cccc(-c2ccc3c(c2O)C2=C(CC3)C(C(=O)O)=C3OC(=O)CC(O)C3O2)c1	Pocket2Mol	3AF2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41167	O=P(O)(O)O	Pocket2Mol	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41168	O=C1C(O)C(O)C2OC(c3cccc(CN4CCCCC4)c3O)=CC(O)C2C1O	Pocket2Mol	3AF2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41169	O=C1CC(O)C2Oc3c(c(=O)oc4ccc(C5CCCC(O)C5)c(O)c34)C=C2O1	Pocket2Mol	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41170	CC1=CC2CC(=O)N3CC4CC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)CC4N(C)C(=C23)O1	Pocket2Mol	3AF2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41171	COC1C(O)C(COP(=O)(O)OC(=O)CCC(=O)O)OC2C=Cc3ccccc3C21	Pocket2Mol	3AF2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41172	CC1=CC(c2ccc3[nH]c(=O)c4c(c3c2O)OC2C(=C4)OC(=O)CC2O)C(=O)NC1=O	Pocket2Mol	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41173	C=CC1CCC2Cc3ccc(C4OC5C(=CC(=O)CC5O)OC(O)C4O)c(O)c3CN12	Pocket2Mol	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41174	O=C(O)C(=O)COP(=O)(O)O	Pocket2Mol	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41175	CNC(=O)C1=CCCc2cc(O)c(CO)c(OP(=O)(O)O)c2C1	Pocket2Mol	3AF2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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