DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
41206 CCCOP(=O)(O)OP(=O)(O)OCCc1ccc(O)c(C(=O)NC(C)=O)c1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41207 CC(=O)NCc1cccc(C(C)OC2CC(O)C(=O)CC2O)c1O Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41208 CC=C[C@H](C)C[C@H]1[C@@H]2C(=O)[C@H](C)[C@@H](CO[P@@](=O)(O)OC(=O)C(=O)O)O[C@H]2C=C(C)[C@@H]1O Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41209 Oc1ccc(O)c(O)c1O Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41210 O=C(O)C=C(O)[C@@H]1OC(=O)[C@H](CO)O1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41211 COc1ccc2c(c1)C1CC(C)C(COP(=O)(O)OC(=O)CCC(=O)O)OC1C=C2 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41212 CN1C2=C3C(CCN3C(=O)C3CC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)CC31)OCCO2 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41213 Cc1cc(-c2ccc3c(c2O)C2=C(OC4=CC(=O)CC(O)C4O2)C(=O)C3)c(O)cc1O Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41214 O=P(O)(O)OP(=O)(O)OCC1CC2C3C1=CCC=C3N1CCCC1c1cncn12 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41215 C=C1C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)CC2C1CC(=O)N1C=CCc3nc(O)n2c31 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41216 NC1CCCC(c2ccc3c(c2O)C2=C(C(=O)C3)C(O)C3OC(=O)CC(O)C3O2)C1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41217 CCCNC(=O)c1cc(C2OC3C(O)C(O)C(O)C3C(O)C2O)ccc1OC Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41218 CC1(O)CCCC(c2ccc3[nH]c(=O)c4c(c3c2O)OC2C(=C4)OC(=O)CC2O)C1 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41219 CC1=C2c3cccn3C3CC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C(O)C3CN2C(=O)C1 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41220 CC1C=C2CCN3CC4C(O)C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)CC4N(C)C(O1)C23 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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