DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
41236 CCCc1cccc2c1CCc1cc3c(cc1-2)OP(=O)(OP(=O)(O)O)OC3 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41237 COc1cc(O)c2c(c1)C1CC(C)C(COP(=O)(O)OC3CCC(C)C3)OC1C=C2 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41238 COc1ccc(C)cc1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41239 CC1(N)CCCC(c2ccc3oc(=O)c4c(c3c2O)OC2C(=C4)OC(=O)CC2O)C1 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41240 O=C(O)c1ccccc1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41241 O=C(CCO)OP(=O)(O)OCC1OC2C=Cc3cccc(O)c3C2C(O)C1O Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41242 CN1C(=O)CC2CC3=C=C(OP(=O)(O)O)C=C3C(=O)N=C21 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41243 O=C1CC(O)C2OC3=C(C(=O)Cc4ccc(C5C=CC(=O)C(O)C5)c(O)c43)C(O)C2O1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41244 COc1ccc(O)c(O)c1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41245 CC(OC1C=CC(=O)CC1O)c1cccc(CN2CCCCC2=O)c1O Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41246 COc1cccc2cc(O)ccc12 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41247 CC(=O)NC(=O)c1cc(CCOP(=O)(O)OP(=O)(O)OCC(C)C)ccc1O Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41248 O=C(O)C1CCC(C(=O)O)O1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41249 O=C1CC(O)C2OC3=C(C(=O)Cc4ccc(C5CCC(=O)C(O)C5)c(O)c43)C(O)C2O1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41250 O=C(O)c1ccc2ccc3sccc3c2c1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

41236 to 41250 of 73725 items. Total 4915 pages.