DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
41296 CCC(C1=CC(O)CC(C(COCC2CCCC2)C(=O)O)=C1)C(O)C(=O)O Pocket2Mol 4ZCS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41297 O=C(NCC1=C(O)NC2=NCCN2C1=O)OCc1cccc2cc3c(cc12)CCCC3 Pocket2Mol 4ZCS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41298 O=C(NCC1=C(O)NC2=NCCN2C1=O)OCc1cccc2cc3c(cc12)CN=CC3 Pocket2Mol 4ZCS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41299 CC(N)CCOCC(C(=O)O)C1=CC(C(CCC(=O)O)C(=O)O)=CC(N)C1 Pocket2Mol 4ZCS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41300 O=c1oc2c(c3nnccc13)CC1=CC=C3NCCC3(c3ccccc3)C1=C2 Pocket2Mol 6AJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41301 COC1COC2=C(CC3=CC=C4N5CCC4(C3=C2)c2ccccc2C5)O1 Pocket2Mol 6AJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41302 COC1COC2=C(CC3=CC=C4C5CCC4(C3=C2)c2ccccc2C5)O1 Pocket2Mol 6AJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41303 O=c1oc2c(c3cnccc13)CC1=CC=C3NCCC3(c3ccccc3)C1=C2 Pocket2Mol 6AJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41304 O=C1OC2C=C3C(=CC=C4CCCC43c3ccccc3)CC2c2cnccc21 Pocket2Mol 6AJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41305 O=C1C=CC=c2ccc3c(c21)N=C=CC=3 Pocket2Mol 6AJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41306 O=c1oc2c(c3cnccc13)CC1=CC=C3CCCC3(c3ccccc3)C1=C2 Pocket2Mol 6AJY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41307 CC(C(=O)O)c1ccc2c(N)nc3ncccc3c2c1 Pocket2Mol 6J7E ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41308 CC1C=Cc2cc3c(C(=O)O)cccc3n2C1=O Pocket2Mol 6J7E ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41309 CC1C(=O)n2c(cc3c(C(=O)O)cccc32)C=C1O Pocket2Mol 6J7E ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41310 Cc1cc(-c2nc(N)nn2C)ccc1OC(=O)CNO Pocket2Mol 6J7E ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

41296 to 41310 of 73725 items. Total 4915 pages.