Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
41341	CC=Cc1c(-c2cccc(CC)c2)ccc(C)c1O	Pocket2Mol	4ZBF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41342	CC=Cc1c(-c2ccc(C)c(CC)c2)ccc(C)c1O	Pocket2Mol	4ZBF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41343	O=c1oc2c(cc1O)C=C=CC2	Pocket2Mol	4ZBF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41344	O=C1CC2=NCCCC2=N1	Pocket2Mol	6R18	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41345	O=C(O)c1ccc(O)c(O)c1	Pocket2Mol	6R18	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41346	CC(=O)Oc1cc2ccoc2cc1O	Pocket2Mol	6R18	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41347	C1=Cc2ncccc2N=1	Pocket2Mol	6R18	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41348	CNN=C1C=CC2=Cc3ccc4ccc(-c5ccc6c(c5)CC[C@](C)(CC5=C[C@@H]7C(=CC5)[C@@H](C)CC[C@@H]7C)C6)cc4c3C[C@H]2C1	Pocket2Mol	4OMJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41349	NC(=O)NCCCOc1ccc2c(ccc3ccc(-c4ccc5c(c4)CCC(CCCC4CCC6CCCC46)C5)cc32)c1	Pocket2Mol	4OMJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41350	CC1=CCCC[C@@H]2C=C(C[C@@]3(C)CCc4cc(-c5ccc6ccc7c(c6c5)C[C@H]5CC(=NN)C=CC5=C7)ccc4C3)CC=C12	Pocket2Mol	4OMJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41351	CC1=CCC[C@H](C)[C@@H]2C=C(C[C@@]3(C)CCc4cc(-c5ccc6ccc7c(c6c5)C[C@H]5CC(=NN)C=CC5=C7)ccc4C3)CC=C12	Pocket2Mol	4OMJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41352	CC1=CCC=C(C)[C@@H]2C=C(C[C@@]3(C)CCc4cc(-c5ccc6ccc7c(c6c5)C[C@H]5CC(=NN)C=CC5=C7)ccc4C3)CC=C12	Pocket2Mol	4OMJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41353	CCCc1ccc2c(ccc3ccc(-c4ccc5c(c4)CCC(CCc4ccccc4)C5)cc32)c1	Pocket2Mol	4OMJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41354	CC1=CC=C[C@H](C)[C@@H]2C=C(C[C@@]3(C)CCc4cc(-c5ccc6ccc7c(c6c5)C[C@H]5CC(=NN)C=CC5=C7)ccc4C3)CC=C12	Pocket2Mol	4OMJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
41355	CC12CCCCC1C(CCCC1CCc3cc(-c4ccc5ccc6cc(OCCCNC(N)=O)ccc6c5c4)ccc3C1)CC2	Pocket2Mol	4OMJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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