DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
41251 CC1=CC=CC(c2ccc3c(c2O)C2=C(C(=O)C3)C(O)=C3OC(=O)CC(O)C3O2)C1 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41252 CC1CC2=C3C(O1)N(C)C1CC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C(O)C1CN3CC2 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41253 CNC(=O)c1ccc[nH]c1=O Pocket2Mol 6JTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41254 CC1=CC(O)=C=NC1=O Pocket2Mol 6JTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41255 OCc1ccc(O)c(O)c1O Pocket2Mol 6JTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41256 CNC(=O)C1=CC=CCC1=O Pocket2Mol 6JTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41257 Cc1cc(O)c[nH]c1=O Pocket2Mol 6JTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41258 O=C(O)C(O)C(=O)NCc1ccccc1NC1OCC(n2cnc3cncnc32)C1O Pocket2Mol 4YMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41259 O=C(O)CC(=O)NCc1ccccc1NC1OCC(n2cnc3nccnc32)C1O Pocket2Mol 4YMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41260 Cc1cccc2c1NC1COC(Nc3ccccc3CNC(=O)CC(=O)O)C1(O)N2 Pocket2Mol 4YMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41261 Cc1c(O)ncn(C2COC3C2NCN3c2ccccc2CNC(=O)CC(=O)O)c1=O Pocket2Mol 4YMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41262 Cc1c(N)ncn(C2COC3C2NCN3c2ccccc2CNC(=O)CC(=O)O)c1=O Pocket2Mol 4YMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41263 Nc1nc2nc3c(c-2cn1O)CC(=O)c1ccccc1-3 Pocket2Mol 4YMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41264 O=C(O)CC(=O)NCc1ccccc1NC1OCC(N2C=NC(=O)C3=CNCC32)C1O Pocket2Mol 4YMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41265 O=C(O)CC(=O)NCc1ccccc1NC1OCC(N2C=NC(=O)C3=CN=CC32)C1O Pocket2Mol 4YMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

41251 to 41265 of 73725 items. Total 4915 pages.