DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
41176 CN(CC(=O)O)C1CCOc2c(C3=CC(O)C4(C)CC(O)C(=O)C(O)C4O3)cccc21 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41177 CCCC(=O)OP(=O)(O)OCC1CCC2C(C=CC3CCC(O)CC32)O1 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41178 CC1=CC2CCN3C(=O)C4CC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)CC4N(C)C(=C23)O1 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41179 CCOP(=O)(O)OP(=O)(O)OCC1OC2NC(=O)n3ccc4cccc(c43)C2C1OC Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41180 O=C1CC(O)C2OC3=C(C(=O)Cc4cc(O)c(C5CCCC(O)C5)c(O)c43)C(O)C2O1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41181 CN1C=C2C=CCC(=O)N2CC2CC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)CC21 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41182 COc1ccccc1OC Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41183 Cc1cc2c3c(cccc3c1)N=C(CC(=O)O)C2 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41184 Cc1oc(=O)c(OP(=O)(O)O)cc1O Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41185 O=C1OC(O)C(O)C(O)C1O Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41186 CCc1ccccc1OC(=O)O Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41187 CCOP(=O)(O)OP(=O)(O)OCC1OCC(Oc2ccccc2)C1O Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41188 O=C1CC(O)C2Oc3c(c(=O)[nH]c4ccc(C5CCCC(O)C5)c(O)c34)C(=O)C2O1 Pocket2Mol 3AF2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41189 CC1=C2c3cccn3C3CC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)CC3C(=O)N2CC1 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41190 CN1C2CC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)CC2C(=O)N2CCC3CCOC1C32 Pocket2Mol 3AF2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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