DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
41416 CC=C1Nc2c(C)cc3c4c2c2c1c(CC)ccc2c(=O)n4-c1c(O)cc(O)c(O)c1C3 Pocket2Mol 5CAU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41417 Cc1cnc2n1Cc1c(nc(N)c3ncc(-c4ccccc4)nc13)C2=O Pocket2Mol 5CAU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41418 O=C(O)C1=CC2=CC=CCC2=C2C=C(O)C(=O)CC12 Pocket2Mol 2GNS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41419 Oc1ccc2c(ccc3ccccc32)c1 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41420 O=C1C=CC(CCO)C=C1O Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41421 CNCc1ccc2cnc3c(O)ccc4c(C)cc1c2c43 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41422 Oc1cccc2c3cccc4c3c3c(ccnc3c12)CC4 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41423 NC(=O)c1ccc(NO)c2cc(C(=O)O)ccc12 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41424 O=C(O)C1=C2C=C(O)Cc3occ4c(=O)[nH]c(=O)c(c-4c32)C1 Pocket2Mol 2GNS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41425 OC1=C2C(=C=C1)C1NC3CC=Cc4ccc(c1c43)C1N=CN=C21 Pocket2Mol 2GNS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41426 O=C(O)c1cc2c3c(ccc(O)c3c1)-c1ccccc1C2 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41427 Cc1c(O)cc(O)c2c1C(=O)C1=c3c-2cccc3=CC1 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41428 CC1=C(C)C2C=C(C(=O)O)c3ccccc3C2=C1 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41429 CC1=c2c(c3[nH]ncc3c3cc(F)ccc23)=S=N1 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41430 O=C(O)c1c2ccccc2c2ccc3oc(=O)cc4ccc1c2c43 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

41416 to 41430 of 73725 items. Total 4915 pages.