DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
41446 O=C1N=Cc2cccc3cccc1c23 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41447 O=C(O)c1cc2c3c(cccc3c1O)CC=C2 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41448 O=C1C2=CCCc3c4c5c(ccc(c5n32)C2N=CN=C12)C=C(O)C4 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41449 O=C(O)c1cc2nc[nH]c(=O)c2c2ccccc12 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41450 NC(=O)c1cc2cc(O)cc3c2c2c(ccnc12)CC3 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41451 O=C1Cc2cc(O)cc3cc4oc(=O)c5c6c4c(c23)C1=CC6CC5 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41452 O=C(O)c1cc2c3c(c1)CC1CCCCC4CC(O)=C(C3=CC2)C41 Pocket2Mol 2GNS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41453 O=C(O)C1=CC2=C=CC(=O)C2=C2C=C(O)C=CC12 Pocket2Mol 2GNS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41454 O=C(O)C1C=CC=C2CC=CC=C21 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41455 Cc1nc2c(ccc3ccccc32)c(=O)[nH]1 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41456 Cn1c(=O)c2ccccc2c2ccccc21 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41457 CC1=NCC(C2=CN=C3N=CC=C23)=C1 Pocket2Mol 2GNS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41458 Cc1cnc2c(cnc3c(O)ccc(Cc4ccccc4O)c32)c1 Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41459 O=C(O)c1cc2cccc(O)c2cc1O Pocket2Mol 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41460 NC(=O)[C@@H]1COC2=C(C1)C(=CC(=O)O)C=C(O)C2 Pocket2Mol 2GNS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

41446 to 41460 of 73725 items. Total 4915 pages.