DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
41866 Cn1cc(-c2cc3ccccc3cn2)cn1 Pocket2Mol 5WIN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41867 CC1=c2c(c3cc(NCCC4=NC(=O)CC4)cc(O)c3n(C(=O)c3c(O)cnc4c3C=C(CNC(N)=O)CN4)c2=O)=NOC1O Pocket2Mol 5OA2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41868 COCCCCCNc1cc(O)c2c(c1)c1noc(=O)c(C)c1c(=O)n2C(=O)C1=C(O)CCc2ccc(CNC(N)=O)cc21 Pocket2Mol 5OA2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41869 Cc1c(=O)onc2c1c(=O)n(C(=O)C1=C(O)CCc3ccc(CNC(=O)O)cc31)c1c(O)cc(NCCC3CCC(O)C3)cc21 Pocket2Mol 5OA2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41870 Cc1c(=O)onc2c1c(=O)n(C(=O)C1=C(O)CCc3ccc(CNC(=O)O)cc31)c1c(O)cc(NCCC3CCC(C)C3)cc21 Pocket2Mol 5OA2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41871 CCC(C(=O)n1c(=O)c2c(c3cccc(O)c31)=NOCC=2C)c1ccc(N)cc1 Pocket2Mol 5OA2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41872 O=Cc1ccc(C(=O)O)c(O)c1 Pocket2Mol 6G9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41873 CC1=NC2=CC(=O)C=CC2C1 Pocket2Mol 6G9X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41874 C1=C(c2ccccc2)N=NC1 Pocket2Mol 6G9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41875 CC1=Cc2ccccc2CCC1 Pocket2Mol 6G9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41876 C1=C2CCC3CCOC3C2CC1 Pocket2Mol 6G9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41877 CCOc1cccc(C)c1 Pocket2Mol 6G9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41878 NC1=NC2=NC=C=NC2C=C1Cc1ccccc1 Pocket2Mol 5C2A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41879 Oc1cccc2nccc(Nc3ccncc3)c12 Pocket2Mol 5C2A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41880 NC1=NC2=NCC=NC2C=C1Cc1ccccc1 Pocket2Mol 5C2A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

41866 to 41880 of 73725 items. Total 4915 pages.