DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
41896 CCCC1CCC2=Cc3ccc(Cc4cccc(O)c4)cc3C(=O)C21 Pocket2Mol 4PP3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41897 COC1=CC=C2c3cc(Cc4ccccc4)ccc3C=C3CCC1C32 Pocket2Mol 4PP3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41898 Clc1cc2c3c(cc4ccc(Cc5ccccc5)cc4c3c1)CC2 Pocket2Mol 4PP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41899 O=c1ncnc(C=Cc2cncc3ccccc23)[nH]1 Pocket2Mol 5EFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41900 O=c1ncnc(C=Cc2ccnc3ccccc23)[nH]1 Pocket2Mol 5EFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41901 O=c1ncnc(C=CC2=C(O)Cc3ccccc32)[nH]1 Pocket2Mol 5EFJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41902 O=C1CC(C=Cc2nccc(=O)[nH]2)=CN1 Pocket2Mol 5EFJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41903 CC1=CC=C2NC(=O)C3=C4C(=C(Cl)C(C)=CC4O)N=C(CC4=C5C(=CN=C5N=C4)/C=C/2C1)N3 Pocket2Mol 4NH7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41904 CC1=CCC2=C3NC(=NC2=C1)CC1=C2C(=CN=C2N=C1)/C=C1\CC(C)=CN=C1NC3=O Pocket2Mol 4NH7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41905 COC1=C2C(=O)CC3=NC=CC3=C2N=C(CC2=C3C(C=C4C=CC=CC4)=CN=C3N=C2)N1 Pocket2Mol 4NH7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41906 CC1=C2N=C3CC4=C5C(=CN=C5N=C4)/C=C4\CC=C(F)C=C4OC(=O)C(=C2C=C(O)C1C)N3 Pocket2Mol 4NH7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41907 COC1=CC2=C3COC4=CC(F)=CC/C4=C\C4=CN=C5N=CC(=C45)CC(=NC2=C(C)C1O)N3 Pocket2Mol 4NH7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41908 CC1C=CC2=C3COC(=O)/C=C/C4=CN=C5N=CC(=C45)CC(=NC2=C1)N3 Pocket2Mol 4NH7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41909 NS(=O)(=O)c1cc(F)c(NC2CC3CCCC3O2)cc1F Pocket2Mol 6H33 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41910 Nc1ncc[nH]1 Pocket2Mol 6H33 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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