DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
41941 CC(C)CCNc1c(-c2cn3c(nc2=O)CC(C2=CC=CCO2)=CC3)ccc2ccc(N)nc12 Pocket2Mol 4MC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41942 C=CCC1Cc2c(O)ccc3ccc(-c4cn(C)c(=O)[nH]c4=O)c(c23)N1 Pocket2Mol 4MC1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41943 CC1=C2N=C(N)N=C2N=C(N)C1 Pocket2Mol 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41944 CCN=C1N=C(N)C(C)=C1N Pocket2Mol 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41945 Cc1[nH]c(N)nc2nc(N)nc1-2 Pocket2Mol 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41946 CC1=C2N=C(N)CN=C2N=C1N Pocket2Mol 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41947 Nc1nc(N)c(N)c(N)n1 Pocket2Mol 5EY4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41948 CC1(c2ccc(C(N)=O)cc2)CCc2cc3c(cc2C1)CC1CCCC(C1)O3 Pocket2Mol 4PVY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41949 OCCOCCC[C@H]1CCCC(=CCCC2CCCC2)C1 Pocket2Mol 4PVY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41950 CC1(c2ccc(C(=O)O)cc2)CCc2cc3c(cc2C1)CC1CCCC1O3 Pocket2Mol 4PVY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41951 CC1(c2ccc(C(=O)O)cc2)CCc2cc3c(cc2C1)CC1CCCC(C1)O3 Pocket2Mol 4PVY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41952 N=CNCc1ccc2nc3c(cc2c1)C=CC3 Pocket2Mol 4PVY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41953 CCCC=C1CCN(S(=O)(=O)C2=CC(=O)C(O)=C(c3[nH]c(=O)c4cccc5c4c3C(O)=CC5=O)C2)C1 Pocket2Mol 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41954 C=C1C=C(S(=O)(=O)N2CCC(=C3C=C(OC)C=CC3)C2)CC(c2[nH]c(=O)c3cccc4c3c2C(O)=CC4=O)=C1O Pocket2Mol 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41955 CCC(C)CC1=CC(Oc2ccc(C)c(-c3cccc4cc(OC)ccc34)c2)C(O)C1 Pocket2Mol 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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